Прототип Х-09 продолжали использовать в качестве летающей лаборатории, в частности, на нем отрабатывали новые катапультное кресло VS-2 и БРЭО. Этот самолет оказался самым невезучим из опытных "Альбатросов" и, как магнит, притягивал неприятности. Например, однажды произошел отказ двигателя, после чего машину с трудом удалось посадить на аэродроме Прага-Кбелы. Последний раз этот самолет поднялся в воздух 8 апреля 1986 г. Инженеру-пилоту Иржи Поспишилу предстояло провести очередное испытание катапультного кресла. Согласно заданию, отстрел произошел на высоте 300 м при скорости 350 км/ч. После этого двигатель внезапно перестал работать. Летчик попытался совершить посадку на аэродроме Сазена, но она оказалась очень неудачной: самолет был полностью разбит, а летчик тяжело ранен.

В 1974 г. по заданию MHO начались работы над еще одним учебно-боевым вариантом "Альбатроса", получившим обозначение L-39ZA (расшифровка аббревиатуры в источниках не дается). В отличие от предшественника, этот самолет оснастили 23-мм пушкой ГШ-2-23. которую установили в носовой части фюзеляжа под кабиной и закрыли обтекателем. При этом пришлось внести необходимые изменения в конструкцию фюзеляжа и расположение нескольких антенн, выполнить обшивку створок ниши передней опоры шасси из легированной стали для защиты от горячих пороховых газов, в очередной раз усилить шасси и оснастить его более широкими пневматиками. Патронный ящик с боекомплектом в 150 патронов с ленточной подачей размещался под полом гермокабины. Для доступа к нему сделали новый люк на правом борту фюзеляжа. Выступающий заборник воздуха для охлаждения электропреобразователя перенесли вместе с ним на левый борт, расположив его между подножками. Одновременно перенесли антенны радиооборудования. Доработали панель управления оружием.

Отработка пушечной установки производилась на снятых с летной эксплуатации машинах Х-03 и Х-05. при этом "пятерка" использовалась для опытных стрельб в наземном тире. Для проведения летных испытаний были построены прототипы Х-10 и Х-11. Первый полет "десятки" (борт ОК-188). которую пилотировал Шоуц. состоялся 29 марта 1976 г Испытания проходили без проблем, пока не начались стрельбы. Оказалось, что при ведении огня на больших углах атаки пороховые газы попадают в двигатель, что приводит к его перегреву и даже помпажу. Конструкторы пытались найти решение, совершенствуя дульный тормоз таким образом, чтобы все газы уходили под фюзеляж, однако это имело лишь частичный успех. С проблемой так и не удалось полностью справиться. В конечном итоге пришлось ограничить углы атаки, допустимые при стрельбе, а самолет оснастить системой, не допускавшей открытия огня на критических режимах.

16 мая 1977 г. Шоуц поднял в воздух Х-11 (борт 3901 и ОК-190) В том же году эта машина в бело-сером камуфляже с гражданской регистрацией ОК-НХА была отправлена на выставку в Ле Бурже. Она демонстрировалась без пушки, с подвешенными на внутренних пилонах 350-л ПТБ или с одним баком и разведконтейнером ПФК-5. Самолет показали как в статической экспозиции, так и в полете с выполнением комплекса фигур высшего пилотажа. Затем Х-11 прошел войсковые испытания в авиашколе в Кошице, а также испытания в советском ГК НИИ ВВС. Серийное производство L-39ZA началось в 1980 г.

Во второй половине 1980-х гг. интерес к L-39ZA стали проявлять новые заказчики. В 1986 г. самолет с заводским № 53 3216 переоборудовали под требования Нигерии. Версия, получившая обозначение L-39ZA-N. отличалась радио -и навигационным оборудованием американской фирмы King, что было заметно внешне по расположению и форме антенн. Согласно первому контракту, выпустили 26 экземпляров L-39ZA-N В 2001 г. было заключено второе соглашение, предусматривавшее поставку в эту страну еще 27 самолетов. "Аэро-Водоходы" приступили к их постройке и собрали не менее 17 машин, когда стало ясно, что нигерийцы не смогут оплатить свой заказ. Как утверждают чешские источники, эти «Альбатросы» стали собственностью Алжира.

В начале 1992 г. завершилось переоборудование самолета с бортовым N° 5240 под требования Таиланда. Основным отличием L-39ZA/ART стало прицельно-навигационное оборудование израильской фирмы ELBIT. Кроме того, машина получила возможность нести под крылом устройства для буксировки воздушной мишени Dart, которая напоминала сильно увеличенный дротик для одноименной игры. Буксировочное устройство подвешивалось на внешний пилон левой консоли, а под правой находился барабан с 700 м стального троса. С 25 февраля по 1 марта

1992 г. самолет демонстрировался в Сингапуре на авиакосмической выставке Asian Aerospase. Контракт на сумму 200 млн. USD. предусматривавший поставку 40 самолетов, стороны подписали в 1993 г.. а уже в следующем году он был выполнен.

В 1994 и 1995 гг. на таиландской авиабазе Утапао прошли испытания L-39ZA/ART с мишенью, в которых участвовали чешские, израильские и местные специалисты. В июле-августе 1994 г. проводились рулежки и пробежки, а 1 сентября состоялись три полета. В первом выполнялся выпуск мишени с последующим отсеканием троса, в двух других отрабатывалась посадка с ней 12и 14 июня следующего года прошли полеты со сбрасыванием мишени над морем. Результаты испытаний полностью удовлетворили заказчика.

В общей сложности "Аэро-Водоходы" построили 265 самолетов L-39ZA, включая экспортные варианты.

Первой развивающейся страной, получившей L-39, стал Ирак, закупивший 22 L-39C в 1975-м, а позже и 59 L-39ZO с упрощенным бортовым оборудованием (без системы РСБН). В начале ирано-иракского конфликта отдельные самолеты участвовали в боевых действиях, а некоторые получили повреждения при налетах иранских ВВС на аэродромы. В 1977-м ГДР приобрела 21 L-39ZO, а затем еще 38 с полным комплектом вооружения, несколько буксировщиков мишеней из числа сокращавшихся в чехословацких ВВС. 

С 1978-го начались поставки L-39ZO в Ливию, где они должны были подтвердить свои эксплуатационные качества в пятидесятиградусную жару в пустыне за 1000 км от морского побережья. Здесь "Альбатросы" вместе с югославскими "Галебами" G-2A стали основными УТС, сменившими Фугу "Мажистер" СМ-170. Летчики, обученные на L-39ZO, переходили впоследствии на "МиГи" и "Миражи". Ливийские L-39ZO имели трехцветный камуфляж и специально доработанный пол кабины под сиденьями для размещения аварийного оснащения, включавшего надувную лодку. Всего ВВС М. Каддафи получили до 1983-го 181 УТС. В 1980-м к арабским покупателям L-39 добавилась Сирия, использовавшая исключительно советские "МиГи" и "Су". Приобретенные ею 55 L-39ZO и 44 L-39ZA эксплуатировались в непростых климатических условиях и самым коварным была высокая запыленность. Во Вьетнаме эксплуатировалось 12 L-39C. В экстремальных климатических условиях, главным из которых высокая влажность воздуха, впервые применили защиты от тропического климата.

Ливийские L-39ZO участвовали в боевых действиях в Чаде против войск Хиссена Хабре. Действовали они как со своей территории, так и с чадских авиабаз, в том числе с Уади-Дум. 27 марта 1987 г. силы Хабре внезапно атаковали этот аэродром и среди обильных трофеев захватили 11 -Альбатросов-. Им быстро нашли применение, передав в течение пяти дней Египту, где они служат и сегодня. Еще четыре L-39 чадцы уничтожили на земле при нападении на ливийскую базу Маатен-эс-Сара.

В Ираке "Альбатросы" в качестве штурмовиков довольно активно использовались против курдов. Действовали они, в основном, с авиабаз Киркук и Мосул. Отмечалось эпизодическое появление L-39 и над зоной боевых действий с Ираном. Во время "Бури в пустыне" союзники постарались нанести максимальный урон авиации Хусейна, однако до полусотни "Альбатросов" смогли пережить эту бойню. Те машины, что уцелели и во время следующей войны в Заливе, стали трофеями коалиционных войск.

В 1986 г. начались поставки ливийских L-39ZO в Никарагуа. Судя по скупой информации СМИ. сандинисты использовали их как для борьбы с отрядами "контрас", так и против скоростных катеров, постоянно совершавших рейды на береговые объекты Никарагуа, а также нападавших на рыболовные и торговые суда. Как минимум, один катер удалось вывести из строя. Поставки L-39 прекратились после завершения в стране гражданской войны и проведения выборов, которые сандинисты проиграли.

В 1981-1985 гг. 32 самолета L-39ZA приобрела Румыния. Последней страной Варшавского Договора, закупившей в 1986-1990 годах 36 L-39ZA, стала Болгария.  Второй африканской страной, после Эфиопии, владеющей 24-мя L-39ZA, стала Нигерия. Для удовлетворения условий эксплуатации заказчика потребовалось установить дополнительную навигационную систему и три радиостанции.

Во второй половине 1990-х гг. израильская компания ELBIT совместно с "Аэро-Водоходами" провела капремонт и модернизацию восьми камбоджийских L-39ZA. При этом самолеты оснастили западным БРЭО. Стоимость контракта составила 15 млн. USD.

В Чехословацкой Народной Армии "Альбатросы" нашли применение не только для решения учебных задач, но и для борьбы с воздушными целями. Дело в том, что в 1980-е гг. участились случаи нарушения границы со стороны ФРГ вертолетами армейской авиации США. Особенно ситуация обострилась в 1985 г. Попытки истребителей МиГ-21 перехватить нарушителей, вторгавшихся в воздушное пространство на малой высоте и следовавших с небольшой скоростью, оказались безуспешными. Тогда к боевому дежурству в системе ПВО решили привлечь звено L-39ZA из 2-й эскадрильи 39-го истребительно-бомбардировочного полка. 28 сентября границу ЧССР в очередной раз нарушил американский АН-1S. Наперехват с аэродрома Жатка вылетел летчик 5-го ИАП надпоручик Пискаты. Получив наведение с земли, он быстро обнаружил нарушителя. Американец тоже заметил "Альбатрос" и стал уходить. Увлекшись погоней. Пискаты пересек границу и уже над территорией ФРГ обстрелял "Кобру" НАРами С-5. а затем вернулся на свою территорию. Изучение пленок фотоконтроля показало, что американский вертолет должен был получить повреждения. Другая сторона никаких заявлений по этому поводу не сделала.

После распада федерации на два государства наличный парк "Альбатросов" был распределен между ними. Доставшиеся Словакии L-39ZA применялись для борьбы с низколетящими малоскоростными ЛА, время от времени нарушавшими границу страны и перевозившими контрабанду либо нелегальных мигрантов. Новые времена принесли в биографию самолета события, казавшиеся ранее совершенно невозможными. L-39 стали регулярными участниками различных военных учений в рамках НАТО. Например, с 6 по 17 сентября 2004 г. несколько чешских L-39ZA были задействованы в совместных с британцами маневрах Flying Rhino 2004.