Особое внимание уделяется защите самолёта от ПЗРК. Для этого разрабатываются подвесные контейнеры радиоэлектронного противодействия системы ALJS . Основа системы - автоматическая лазерная станция постановки помех, создающая кодированное многоспектральное помеховое излучение в широком ИК-диапазоне. Оно приводит к засветке ИК-приемника ГСН ракеты и формированию ложного сигнала, отклоняющего рули ракеты, что ведет к срыву наведения ракеты на избранную цель.

В окончательном варианте ведение огня будет производиться в следующем режиме: пилот захватывает цель на своем мониторе в кабине, нажимает контрольный переключатель взведения/открытия огня на руле управления и тем самым дает согласие на открытие огня оператором функционального модуля. Фактически пилот "грубо нацеливает" пушку, а оператор на экране своего монитора точно наводит ее на цель. Компании Alenia Aermacchi и ATK заключили с ВВС США соглашение о проведении совместных НИОКР по самолету C-27J, в котором за независимую аттестацию и сертификацию отвечали ВВС. Эти работы позволили оценить новый безоткатный вариант 30-мм пушки ATK Mk 44.

Пушка получила удлиненный ствол, ее габариты были увеличены с целью установки более крупной ствольной коробки и противооткатного цилиндра. Эти нововведения позволили увеличить ход массы откатных частей орудия и снизить на 40% силы отдачи. Тем самым, отпала необходимость в дульном тормозе, но одновременно более длинный ствол увеличил вероятность вибрации от воздушного потока. Для того, чтобы стабилизировать ствол компания ATK разработала прикручивающийся на дульный срез удлинитель с обработанными механическим способом углублениями, которые похожи на углубления в мячике для гольфа.

ВВС США заинтересованы в этой новой версии пушки Mk 44, поскольку она обеспечивает повышенную точность и оказывает меньшие нагрузки на корпус самолета. Пушка, скорее всего, получит в ВВС США обозначение GAU-23A/A, поскольку вариант пушки GAU-2ЗА уже установлен на ганшип AC-130W Stinger II.

Пушка может стрелять боеприпасами 30x173 мм и во время испытаний первого этапа (Phase 1) из нее стреляли снарядом PGU-46 стандарта НАТО, а также некоторыми неназванными типами боеприпасов от ATK. Поддон с пушкой имеет массу почти 4000 фунтов с полным боезапасом из двух контейнеров по 250 выстрелов. Станция операторов на двух человек весит 1500 фунтов.

Второй этап программы испытаний (Phase 2) начался в ноябре 2013 года на полигоне компании ATK в Миннесоте с наземных огневых испытаний. Этот этап отличался продвинутой интеграцией системы разведки-целеуказания и системы вооружения. Пушка сможет вращаться по азимуту и углу места, синхронизируясь с оптико-электронной станцией, установленной в носовой части, хотя в компании ATK сообщили, что они пока оценивают окончательные параметры, касающиеся углов перемещения пушки.

В тестовом самолете в настоящее время установлена сенсорная головка aStarSAFIRE 380-HD, взятая напрокат в компании FLIR Systems, хотя сенсорная головка (станция) L-3 Wescam MX-15HD также прошла соответствующие испытания. Оптико-электронные станции производства Raytheon еще не были протестированы в этой конфигурации, но компании Alenia Aermacchi и ATK имеют большой опыт их интеграции на воздушные суда. Сенсорная станция может устанавливаться в носовой части судна, а также в основной обтекатель шасси.

Второй этап, законченный в 2014 году,  включал интеграцию высокоточных боеприпасов, наводящихся при помощи лазерного указателя. К ним относятся Viper Strike от MBDA US, Griffon от Raytheon и пока находящиеся в разработке снаряды PGM от ATK.

Метод запуска высокоточных боеприпасов будет зависеть от потребностей заказчика (некоторые захотят использовать пусковые трубы), поэтому развертывание вооружения в кабине с избыточным давлением будет опциональным. Для того, чтобы герметизировать пространство внутри самолета, в модифицированную дверь вокруг ствола пушки будет установлена гибкая проставка. Вдобавок, функциональный модуль с местами операторов может изолироваться от остальной части кабины, но при этом он сохраняет свою работоспособность и при разгерметизации самолета.

Компании Alenia Aermacchi и ATK полностью финансировали первый и второй этапы программы разработки по MC-27J, но официальные лица выразили желание продолжить и третий этап (который возможно продлится еще один год) при условии финансирования контракта третьей стороной. В рамках третьего этапа будут продемонстрированы пуски высокоточных боеприпасов PGM. Метод пуска еще должен быть определен, но возможно пуски будут вестись с аппарели.

Компания Alenia Aermacchi определила возможный рынок в 50 самолетов, куда входят как нынешние, так и потенциальные пользователи C-27 на Ближнем Востоке и Дальнем Востоке и в Южной Америке. Представители компании подчеркнули, что в настоящее время акцент делается на выполнении графика испытаний и демонстраций, но, тем не менее, предполагаемые заказчики приглашены на предстоящие испытания.

Компании Alenia Aermacchi и ATK продвигают свою систему в качестве масштабируемого решения с двумя уровнями оперативного управления/наблюдения и разведки; улучшенный вариант второго уровня будет иметь ретрансляционную станцию связи и продвинутую систему сбора разведывательных данных. Двухуровневая система вооружения самолета дополнительно к пушке на стандартном поддоне предусматривает установку пусковых труб для высокоточных боеприпасов PGM.

Окончательная концепция самолета MC-27J будет иметь многорежимную РЛС типа SAR/ISAR (с синтетической апертурой/с инверсной синтезированной апертурой), селекцию наземных движущихся целей (GMTI) и систему аэрофотосъемки, оптико-электронные станции, систему радиоперехвата и разведки средствами связи, средства спутниковой связи в Ku-диапазоне, а также возможность подсоединения к сети управления с использованием канала данных в прямой видимости для передачи полнокадрового видео. Она будет иметь пушку и высокоточное вооружение PGM и пять человек экипажа, состоящего из пилота, второго пилота, двух операторов вооружения и стрелка обслуживающего пушку и ракеты PGM.

В 2015 году  компания Alenia Aermacchi оснастила крыло перспективного самолета огневой поддержки MC-27J Praetorian "шарклетами", особыми законцовками, выполненными в виде акульих плавников. Как сообщает Flightglobal, такое же усовершенствование получат и серийные военно-транспортные самолеты C-27J Spartan. "Шарклеты" позволят улучшить летные характеристики самолетов в условиях жары и высокогорья, повысить их грузоподъемность. Кроме того, увеличатся дальность полета и несколько уменьшится потребление топлива.

Летные испытания прототипа Pretorian с "шарклетами" проводились с середины июня 2015 года.  "Шарклеты", проходящие испытания, произведены методом прямого металлического лазерного спекания, при котором деталь послойно "выплавляется" лазером из металлического порошка.

Каким именно методом будут производиться законцовки крыла для серийных итальянских самолетов, не уточняется. 3D-печать различных авиационных деталей производители используют, потому что эта технология позволяет быстро изготавливать прототипы.

"Шарклеты" устанавливают на самолеты для увеличения длины крыла без изменения его размаха. Такие приспособления позволяют снизить сопротивление, возникающее при срыве с конца крыла вихревого потока в полете. Благодаря этому увеличивается подъемная сила на конце крыла, а это, в свою очередь, приводит к увеличению дальности полета самолета и снижению потребления топлива.