Еще в ходе выполнения заказа на В-17В в 1939 году ВВС армии США разместили заказ еще на 38 Flying Fortress. Новый заказ был выдан на улучшенную версию Model 299H, которая получила в армии обозначение B-17C. Самолеты получили серийные номера от 40-2042 до 40-2079.
Внешне B-17C отличался от предыдущих версий B-17 убранными каплевидными блистерами по бокам фюзеляжа в хвостовой части. Каплевидные блистеры сильно ограничивали секторы обстрела пулеметов в вертикальной плоскости и, помимо дополнительного аэродинамического сопротивления, направляли завихренный воздушный поток на горизонтальные плоскости хвостового оперения. На В-17С блистеры заменили на окна. Чтобы избежать перепроектировки хвостовой части, новые окна получили каплевидную форму. В каждом окне имелся один установленный в углу 12,7 мм пулемет Colt-Browning М-2. Подфюзеляжный блистер для пулемета был заменен большим металлическим кожухом по форме напоминавшим ванну в котором располагался еще один 12,7 мм пулемет М-2. Конструкция этой установки была аналогична примененной на немецком среднем бомбардировщике Heinkel He.111. Для ведения огня из пулемета вниз в сторону хвостовой части стрелок был вынужден становиться на колени. Надфюзеляжный блистер в отделении радиста заменили гладкой плексигласовой панелью, в которой имелось гнездо для одного 12,7 мм пулемета М-2. Вместо одного гнезда в центре носовой части появилось шесть гнезд по сторонам для установки переносного 7,62 мм пулемета М-2. Огонь из пулемета можно было вести из любого из этих гнезд.
На самолете смонтировали протектированные топливные баки и дополнительную бронезащиту экипажа. Кроме того на самолетах применили разделенную кислородную систему в кабине экипажа и улучшенную схему распределения топлива. Силовая установка состояла из четырех звездообразных двигателей с турбонаддувом Wright GR-1820-65 (G-205A) Cyclonе взлетной мощностью 1200 л.с. Максимально допустимый взлетный вес самолета вырос до 49650 фунтов.
Компания Boeing назначила на В-17С цену 205000 американских долларов за самолет, но руководство Air Corps настаивало на цене 198000 долларов. Генерал Карл Спаатз (Carl Spaatz) вел интенсивные переговоры с руководством компании, и цену удалось согласовать на 202500 долларов, причем за эти деньги Boeing обязалась устранить некоторые дефекты самолета.
Первый B-17C был готов к полетам 21 июля 1940 года. Этот самолет остался у компании Boeing и использовался для испытательных полетов. Поставка первой партии B-17C USAAC была закончена к 29 ноября 1940 года.
Двадцать B-17C были переданы с конвейера Великобритании в рамках договора о Ленд-лизе, где получили обозначение Fortress I. Остальные самолеты были переданы USAAC. Однако в январе 1941 года все машины (18 самолетов) USAAC были возвращены компании Boeing для модернизации до стандарта B-17D. В октябре 1942 года уцелевшие к тому времени В-17D, включая и доработанные В-17С, были переобозначены как RB-17D и использовались во вспомогательных и учебных целях.
В соответствии с договором о Ленд-лизе, заключенном 11 марта 1941 года, Военный Департамент США был уполномочен продавать, предоставлять или арендовать военные материалы "правительству любой страны, чью защиту президент считает жизненно важной для защиты Соединенных Штатов".
Почти сразу после заключения договора Королевские Военно-воздушные силы (RAF) выразили желание получить значительное ко-личество B-17. USAAC крайне неохотно согласились передать Великобритании двадцать самолетов из заказа на 38 самолетов новой модели B-17C. Эти двадцать B-17C были направлены в Великобританию сразу с завода Boeing. Переданные Великобритании самолеты были, по существу, подобны B-17C для USAAC. Перед отправкой самолеты прошли доработку на Wright Field, в ходе которой все пулеметы, кроме носового калибра 7,62 мм, были заменены 12,7 мм пулеметами Colt-Browning, соответствовавшими британским стандартам. Радиооборудование также сменили на соответствовавшее британским стандартам. Некоторые изменения были внесены в конструкцию шасси. Самолеты также оборудовали протектированными топливными баками. Переоборудование заняло некоторое время и первые четыре самолета попали в Великобританию лишь 14 апреля 1941 года. Остальные машины прибыли в течение нескольких последующих месяцев. В компании Boeing самолеты были известны под названием Model 299T, и как Fortress I в RAF. В RAF самолеты получили серийные номера от AN-518 до AN-537, хотя первоначально они получили номера ряда AM, а лишь затем - AN.
Несмотря на то, что руководство ВВС США не считало B-17C боеготовым (на подходе уже была модель Е, созданная на основе боевых сообщений из Европы), положение RAF был достаточно тяжелым и эти самолеты были брошены в бой.
Fortress I поступили на вооружение 90 Sqdn., базировавшегося в West Raynham. В ходе перегоночного полета при приземлении в Великобритании на West Raynham первый Fortress I выкатился за пределы ВПП и сломал шасси. Самолет не восстанавливался и использовался как источник запасных частей.
В RAF планировали использовать Fortress I для дневных налетов без сопровождения на цели в Европе, полагаясь на широко разрекламированную защитную огневую мощь В-17, достаточную для отражения атак истребителей. Первый боевой вылет Fortress I состоялся 8 июля 1941 года из Polebrook на Вильгельмсхафен (Wilhelmshaven). В этом вылете приняли участие три самолета. Неисправность двигателя вынудила один из самолетов направиться к запасной цели, но другие два сбросили бомбы на военно-морские казармы в Вильгельмсхафене с высоты 30000 футов (9145 м). Но самолеты не смогли добиться каких-либо результатов из-за большой высоты. Кроме того экипажи выяснили, что температуры на этой высоте были настолько низки, что смазка в пулеметах застыла и огонь из них оказался невозможен. Помимо этого обмерзали стекла кабин и наблюдалась неустойчивая работа двигателей Cyclone. Несмотря на это все самолеты благополучно возвратились на базу.
23 июля три Fortress I пытались сбросить бомбы на Берлин, но из-за плохой видимости самолеты были вынуждены возвратиться на базу.
24 июля группа Fortress I атаковала французскую военно-морскую базу в Бресте. Самолеты были оснащены бомбоприцелами Sperry Mark 0-1, которые представляли собой аналог Norden, поскольку американцы не решились передать англичанам считавшийся секретным Norden. Fortress I сбросили бомбы с высоты 30000 футов и добились поражения намеченных целей. Немецкие истребители Me-109 атаковали формирование самолетов но все они возвратились на базу. Однако одна из Fortress I, участвовавших в воздушном налете была так сильно повреждена немецкими истребителями (из экипажа двое убито и двое ранено), что развалилась при приземлении и сгорела.
Вскоре была потеряна третья Fortress I, которая сгорела на земле в результате случайного возгорания.
Три Fortress I пытались совершить налет на стоявший в Осло в Норвегии немецкий "карманный" линкор Admiral Scheer, но были атакованы истребителями Люфтваффе и сбиты. Одна из этих Fortress I в несильно поврежденном виде попала в руки немцев, дав возможность впервые изучить новый бомбоприцел.
Седьмая Fortress I была потеряна в ходе высотного испытательного полета из-за неисправности. Восьмая Fortress I была разбита после того, как самолет неожиданно перешел в вертикальное пике с большой высоты и врезался в землю. Из экипажа самолета чудом уцелел лишь один человек. Точные причины этой катастрофы выяснить так и не удалось. Наиболее вероятной причиной считается обледенение самолета на большой высоте.
К сентябрю 1941 года Fortress I RAF совершили 22 налета на Бремен, Брест, Эмден, Киль, Осло и Роттердам. Было послано в общем числе 39 самолетов, из которых восемнадцать были вынуждены возвратиться на базу, а два - бомбить запасные цели из-за механических проблем. Восемь Fortress I были сбиты в бою или потеряны в результате несчастных случаев. После таких результатов руководство RAF решило отказаться от дневных налетов на Третий Рейх.
Через некоторое время четыре Fortress I были направлены на Ближний Восток, где до мая 1942 года они совершали ночные налеты против вражеских позиций в Benghazi и Tobruk. В октябре 1941 года уцелевшие Fortress I в Европе были переданы Coastal Command RAF и действовали в составе 206 и 220 Sqdn.
Одна Fortress I была направлена в июле 1942 года в Индию, где присоединилась к USAAF.
Боевой дебют В-17 оказался не слишком удачным. Экипажи В-17 столкнулись с многочисленными механическими проблемами в ходе вылетов. Смазка пулеметов имела тенденцию замерзать на больших высотах, защитное вооружение оказалось полностью неадекватным для отражения атак вражеских истребителей. Кроме того возникли проблемы с точным поражением целей при бомбардировке с больших высот. Английские экипажи практически не имевшие опыта обращения с самолетами класса В-17 не смогли использовать все возможности самолета. Последний факт постоянно подчеркивал командующий USAAF генерал Генри "Хап" Арнольд (Henry H. "Hap" Arnold), который жаловался, что ": британцы никогда не давали Fortress даже шанса:". Но очевидной была необходимость усилить защитное вооружение В-17. Тогда же возникла идея действий большого числа В-17 в составе плотных формаций для лучшей огневой защиты от истребителей и более интенсивного обучения экипажей. Но несмотря на сложности, британские экипажи были весьма довольны Fortress I, поскольку самолет оказался легким и приятным в управлении, достаточно маневренным и аэродинамически устойчивым при сбросе бомб.