Обычно на внутренних подцентропланных держателях ЕТС подвешивались две 500-килограммовые бомбы (с возможностью подвески 1000-килограммовых бомб при полете на небольшую дальность или 900-литровых бензобаков), а на внешних - две 250-килограммовых. От применения еще двух держателей для бомб под консолями на машинах серии А-4 отказались.

Наращивание максимальной взлетной массы машины до 14 000 кг потребовало усиления стоек шасси и увеличения размеров колес (взамен прежних колес типоразмера 1100x375 мм стали применять колеса 1140x410 мм). Для улучшения путевой управляемости на поздних А-4 ввели роговую компенсацию на руле направления. С целью защиты остекления кабины при столкновении с тросом аэростата по ее передней кромке установили ножи с соответствующими усилениями. Впоследствии такими устройствами в ходе ремонтов оснащали и машины ранних серий. В состав оборудования Ju 88А-4 ввели радиокомпас EZ-6 с антенной в средней части фюзеляжа под плексигласовым колпаком и радиовысотомер FuG 101 с двумя Т-образными антеннами под левой консолью.

Наиболее массовой модификацией бомбардировщика Ju 88 стала именно модель А-4, с весны 1941 г. выпускавшаяся во всевозрастающих количествах. Она была впервые применена при нападении Германии на Советский Союз в операции "Барбаросса".

Все последующие модификации бомбардировщиков серии А создавались на основе Ju 88А-4, но их номера не отражали той последовательности, в которой они поступали на вооружение. Так, самолеты модификации А-8 во всех отно шениях мало отличались от Ju 88А-4, однако на передних кромках крыла они имели специальные ножи (так называемые "кутоназе") для преодоления тросов аэростатов заграждения. Возрождение идеи "тральщика" первоначально предполагало установку все той же громоздкой фермы-паравана и на головных машинах действительно смонтировали узлы для ее крепления. Однако опыты, проведенные в то же время, доказали непрактичность такого технического решения: слишком существенной оказалась потеря летных данных, а эффективность "траления" по-прежнему вызывала сомнения. Идея ножей "кутоназе" состояла в том, что острая и достаточно прочная передняя кромка консолей, выполненная из закаленной стали, сама могла служить прекрасным резаком для тросов. Аналогичным образом защищалось и остекление кабины. Естественно, защита оказывалась не абсолютной: если удар троса приходился на винт, то самолет был обречен. Для сохранения несущих свойств профиля крыла острую кромку консолей прикрыли тонкой алюминиевой обшивкой, сминавшейся при соприкосновении с тросом. Таким образом, внешне крыло бомбардировщиков А-8 выглядело таким же, как у Ju 88А-4. Впрочем, самолеты модификации А-8 были выпущены в 1941 г. в сравнительно небольшом количестве. Все они оснащались двигателями Jumo 211F-1. Впоследствии крыло с резаками "кутоназе" стали устанавливать на "восемьдесят восьмых" других модификаций, а также на бомбардировщиках фирм "Хейнкель" и "Дорнье".

Доработанный в ремонтных органах люфтваффе тропический вариант А-4 получил обозначение Ju 88А-4/Тгор. По составу спецоборудования он не отличался от Ju88A-1/Trop и Ju 88А-5/Тгор. Построенные непосредственно на заводах-изготовителях "тропические" А-4 получили обозначение Ju 88А-11.

В учебно-тренировочный вариант Ju 88A-12 переоборудовались уже построенные бомбардировщики А-4, с которых снималась нижняя гондола, тормозные решетки, все вооружение и бронирование. Остекление фонаря кабины экипажа немного расширяли для удобства установки кресла инструктора бок о бок с креслом ученика. Самолет получал двойной комплект органов управления рулями, закрылками, тормозами и силовой установкой.

В начале 1942 г. была предпринята попытка создания самолета-штурмовика Ju88A-13 на основе конструкции бомбардировщика А-4. Машина получила дополнительное бронирование, в основном в районе кабины экипажа, защищавшее от огня спереди-снизу. Взамен пулемета в передней огневой точке, обслуживаемой бомбардиром, устанавливалась 20-мм пушка MG/FF. Тормозные решетки, автомат вывода из пике и прицел для бомбометания с пикирования снимались. На внешние бомбодержатели можно было подвесить до четырех контейнеров (Waffenbehalter) типа WB 81, в каждом из которых размещались три пулемета MG 81Z с соответствующим боекомплектом. Известны две модификации такого контейнера: WB 81А с пулеметами, стволы которых устанавливались параллельно продольной оси, и WB 81В, у которого стволы пулеметов были отклонены вниз на угол 15°. Для нанесения бомбовых ударов самолет мог нести до четырех сбрасываемых контейнеров (Abwurf-behalter) типа АВ 250 или АВ 500, либо до двух контейнеров АВ 1000. Сбрасываемые контейнеры могли комплектоваться различными мелкими осколочными, зажигательными или противотанковыми бомбами. Наиболее широко применялись 2-килограммовые осколочные бомбы SD 2 (так называемые "бабочки", у которых на траектории часть корпуса раскрывалась, образуя воздушный тормоз), а также кумулятивные бомбы SD 4 (аналогичные по назначению советским ПТАБ-2,5-1,5). Большинство штурмовиков А-13 отправилось на Восточный фронт, где они вскоре понесли существенные потери. Выяснилось, что относительно крупный, маломаневренный и слабо защищенный двухмоторный штурмовик на советско-германском фронте не имел перспектив: сталкиваясь с мощным противодействием малокалиберных зенитных орудий и пулеметов, он не мог действовать с малых высот, а поднявшись выше - терял боевую эффективность. К аналогичным выводам пришли и советские специалисты, предпринявшие попытки создания штурмовиков на основе бомбардировщиков Пе-2 и Ту-2.

С целью повышения огневой мощи "восемьдесят восьмых" при действиях против слабо защищенных целей и транспортов противника был разработан полевой доработочный комплект, позволявший установить пушку MG/FF (темп стрельбы 520 выстрелов в минуту, боекомплект 120 патронов) в носовой части фюзеляжа Ju 88А любой модификации взамен нижнего правого элемента "фасеточного" остекления. При этом из-за больших габаритов оружия и патронных ящиков бомбардировочный прицел приходилось снимать. Самолеты с пушками MG/FF получили признание в эскадрах KG30, KG51, KG54, KG76 и LG1. В частности, они широко применялись для уничтожения железнодорожных составов и подавления зенитной артиллерии на торговых судах морских конвоев в Арктике и Средиземном море. В дальнейшем место установки пушки изменили, и стали монтировать ее в передней части подфюзеляжной гондолы. В этом случае прозрачное стекло для головки бомбардировочного прицела заменялось идентичным по размеру бронестеклом с кронштейном для крепления пушки MG/FF. Любопытно, что носовые пушечные установки получили распространение не только в бомбардировочных, но и в разведывательных авиагруппах люфтваффе. Все это послужило причиной для появления очередной, на этот раз довольно массовой, модификации Ju 88А-14.

Самолеты серии А-14 оборудовались носовой подвижной пушечной установкой в "фасеточном" остеклении непосредственно на заводах-изготовителях. Некоторые машины оснащались пушечной установкой, смонтированной в передней части подфюзеляжной гондолы. Кроме того, они получили ножи "куто-назе" и дополнительное бронирование экипажа (при этом часть панелей носового остекления заменялось бронеплитками). Внутренние бомбоотсеки таких машин использовались, как правило, для размещения бензобаков, а вся бомбовая нагрузка, несколько уменьшенная из-за тяжелого бронирования и наличия пушки с боекомплектом, располагалась снаружи. Один из таких А-14 (зав. No. 140286, бортовой 3Z+YR) попал в руки англичан в Северной Африке в марте 1943 г. Его любопытной особенностью оказалось наличие 16 бомбодержателей ETC 50/VIII, предназначенных для наружной подвески 50-килограммовых бомб SC 50.

Для уменьшения потери скорости при подвеске тяжелых бомб на самолете модификации Ju 88А-15 под фюзеляжем смонтировали большую деревянную гондолу с открывающимися створками. Внутри заметно увеличенного в размерах бомбоотсека теперь можно было подвешивать до 3000 кг бомб в различных комбинациях. Наружные бомбодержатели и подфюзеляжная гондола с нижней огневой точкой, естественно, снимались (оставался только небольшой обтекатель для головки бомбардировочного прицела Lotfe 7). Экипаж сокращался до трех человек, оборонительное вооружение состояло только из двух пулеметов MG 15 или MG81. Убедившись в уязвимости самолета от атак истребителей снизу, немцы попытались устанавливать неподвижные пулеметы-пугачи в задней части деревянной гондолы, но их эффективность оказалась, как и следовало ожидать, невысокой. По имеющимся сведениям, был изготовлен всего один экземпляр Ju88A-15; в серию эту модификацию так и не запустили.

В отношении варианта A-16, также производившегося недолго, информация представляется противоречивой. По одной версии, A-16 - самолет с двойным управлением без нижней гондолы и оборонительного вооружения, предназначенный для обучения экипажей бомбардировщиков A-15, отличавшихся заметными аэродинамическими особенностями. По другой версии, самолеты A-16 -переоборудованные в учебный вариант невостребованные боевыми эскадрами машины A-14, во всех остальных отношениях подобные другим, более ранним версиям учебно-тренировочных Ju 88А.

В начале 1942 г. на базе бомбардировщика Ju 88А-4 был создан вариант торпедоносца, получивший обозначение Ju 88А-4/Тогр. Переоборудование производили на ремонтных заводах с использованием специального доработочного комплекта, предусматривавшего замену четырех наружных бомбодержателей ЕТС двумя торпедодержателями PVC, на каждый из которых можно было подвесить авиационную торпеду LTF 5Ь массой 765 кг. Тормозные решетки и автомат вывода из пикирования снимались, зато Ju 88А-4/Тогр нередко несли пушку MG/FF в носовой части фюзеляжа или подфюзеляжной гондолы. Характерной особенностью машины являлось наличие обтекателя на боковой поверхности носовой части фюзеляжа справа по полету, прикрывавшей тяги и электрические жгуты, идущие к торпедодержателям. Некоторые машины имели радиовысотомеры FuG 101, другие оснащались локаторами FuG 200, ножами "кутоназе", пламегасителями на выхлопных патрубках моторов, а также узлами крепления разгонных ускорителей с двигателями Вальтера. На одном из Ju 88А-4/Тогр проводились испытания так называемых "планирующих торпед" (обычная торпеда подвешивалась на мини-планер L 10, спроектированный специалистами фирмы "Блом и Фосс"). Наличие крыльев позволяло применять торпеды с больших дистанций и высот. После сбрасывания "планирующая торпеда" под умеренным углом (около 15°) снижалась, сохраняя направление движения; в момент соударения с водой планер отделялся, а двигатель торпеды переводился на номинальный режим работы. Опыты выявили недостаточную точность выдерживания направления и угла снижения планера, что обесценило идею. От нее окончательно отказались вскоре после того, как носитель Ju 88А-4/Тогр (зав. No. 740) потерпел аварию.

В дальнейшем непосредственно на заводах-изготовителях была построена небольшая серия торпедоносцев, получивших наименование Ju 88А-17. В отличие от переоборудованных А-4/Torp, у этих машин подфюзеляжная гондола отсутствовала, а экипаж сокращался до трех человек. Подобно переоборудованным самолетам, торпедоносцы модификации А-17 нередко оснащались радиолокаторами, радиовысотомерами и другим дополнительным оборудованием. Известно, что Ju 88А-17 наряду с А-4/Torp имелись на вооружении эскадр KG26, KG28, KG76, KG77 и морской группы KGr506.

Общий объем выпуска Ju 88 в 1941 г. составил 2619 самолетов, из которых около 2000 были изготовлены в варианте бомбардировщиков. В 1942 г., несмотря на прекращение производства "восемьдесят восьмых" на заводах фирм "Арадо", "Дорнье" и "Хейнкель", общий объем выпуска довели до 3094 машин, в том числе 2270 бомбардировщиков. К концу 1942 г. самолеты Ju 88А составляли почти половину бомбардировщиков люфтваффе, имевшихся в строевых частях. В конце 1942 г. "восемьдесят восьмой" появился и на вооружении бомбардировочных подразделений ВВС союзников Германии.