Летом 1942 г., после появления у противника новых типов истребителей, для
технического управления министерства авиации стала очевидной необходимость
резкого увеличения скорости германских бомбардировщиков, прежде всего путем
использования более мощных силовых установок. В октябре 1942 г. министерство
авиации направило фирмам-разработчикам свои предложения, в которых рекомендовало
установку моторов BMW 801D с системой впрыска закиси азота GM 1. Дополнительного
повышения скорости, по мнению министерства, следовало добиваться, совершенствуя
аэродинамику машин. Применительно к скоростному бомбардировщику на базе Ju 88
дополнительными мерами могли стать ослабление бронирования и отказ от внешних
бомбодержателей.
19 июля 1943 г. на встрече с руководством люфтваффе ведущий конструктор фирмы "Юнкере"
профессор Хертель представил облик новой машины, получившей наименование Ju
88S-1. Ее главными отличиями от серийных бомбардировщиков была новая, аэродинамически более совершенная носовая часть фюзеляжа, а также моторы BMW
80ID мощностью на взлете 1700 л.с. и 1440 л.с. на высоте 5700 м. Число внешних
бомбодержателей уменьшилось до двух, а бомбоотсеков - до одного. Предложение
было принято и фирма "Юнкере" получила заказ на постройку 66 Ju88S-l и еще 120
Ju88S-2 с бомбоотсеком увеличенного размера. Столь ограниченный заказ был
обусловлен планами постройки еще одного бомбардировщика "Юнкере" - Ju 188 в
гораздо больших количествах.
В октябре 1943 г. было принято решение о переделке 150 бомбардировщиков
модификации А-4 в вариант Ju 88S, а также о смене типа двигателей на Jumo 213 (оказалось,
что моторов BMW 801D не хватает для истребителей FW 190А). Однако к указанному
времени уже летал прототип Ju 88V55 (первый полет он совершил еще в декабре 1942
г.) с моторами BMW 801D и системой впрыска окиси азота GM 1, который создавался
с учетом рекомендаций министерства авиации. Осенью 1943 г. к нему присоединился
второй прототип Ju 88V56 с аналогичной силовой установкой; обе машины были
отправлены в Рехлинский испытательный центр. Вслед за этим была построена
небольшая предсерийная партия Ju 88S-0. Судя по сохранившимся фотографиям, эти
машины имели подфюзеляжную гондолу стрелка, но у них отсутствовали наружные
бомбодержатели и тормозные решетки.
При изготовлении серийных Ju 88S-1 широко использовались недостроенные планеры Ju 88А-4. В заднем бомбоотсеке стационарно монтировался бензобак, поэтому
бомбовая нагрузка машины состояла всего из 18 бомб SC 50. Уже после завершения
постройки серии были изготовлены полевые доработочные комплекты, позволявшие
монтировать два наружных бомбодержателя ЕТС для подвески бомб калибра 250-1000
кг. Двигатели BMW 801D-2 с системой форсирования GM 1 обладали мощностью 1730
л.с. на высоте 1500 м и 1430 л.с. на высоте 7500 м. Впрыск закиси азота мог
осуществляться на одном из двух режимов: нормальном, с расходом 3,6 кг смеси в
минуту, и чрезвычайном, с расходом 6 кг в минуту. Масса системы форсирования
составляла 180 кг, а с учетом массы закиси азота - 400 кг. Смесью заполнялись
три теплоизолированных цилиндрических баллона, размещавшихся в заднем бомбоотсеке. Для впрыска закиси азота использовался сжатый воздух. На нормальном
режиме продолжительность впрыска составляла 45 минут, а на чрезвычайном - 27
минут.
Оборонительное вооружение в задней части кабины состояло из одного пулемета MG
131 с 250 патронами. Бронирование состояло только из бронеспинки пилота,
бронестекла в установке пулемета MG 131, а также небольших 4-мм бро-неплиток за
маслорадиаторами. Нормальная взлетная масса Ju 88S-1 составляла 11 000 кг, а
максимальная - 13 800 кг. Максимальная скорость машины без бомбовой нагрузки на
высоте 8000 м не превышала 545 км/ч, но могла быть доведена до 605 км/ч при
включении системы форсирования GM 1. К концу 1943 г. было построено 50 Ju 88S-1.
Поставки Ju 88S-1 в бомбардировочные группы начались в июне 1943 г. В числе
первых самолетами модификации S-1 частично оснащались группы II и III/KG6. Они
действовали над Англией и Ла-Маншем и за первые четыре месяца 1944 г. потеряли
около 50 машин. Практически одновременно с подразделениями три Ju 88S-1 получила
группа I/KG66, также воевавшая на Западе.
В июне 1943 г. фирме "Юнкерс" предложили часть бомбардировщиков оснащать менее
мощными моторами BMW 801С-1, не востребованными для FW 190А. В частности, такие
силовые установки получили первые 16 машин серии Ju 88S-2. Главным
предназначением самолетов этой модификации, строившихся с использованием
планеров Ju 88А-4, считались функции скоростного дальнего разведчика и целеу-казателя (у американцев такие машины назывались "следопытами", а в немцев
- beleuchter). В августе 1943 г. Мильх выразил сомнение в способности Ju 88S-2
уходить от преследования истребителей противника, поэтому было принято решение
отказаться от "эрзацев" и перейти к выпуску серии Ju 88S-3. Этот вариант машины
отличался от S-1 и S-2 силовой установкой, включавшей два двигателя Jumo 213 с
системой форсирования GM 1.
В октябре 1943 г. люфтваффе заказали 70 бомбардировщиков Ju 88S-3, а затем еще
146 машин этого типа. Однако к марту 1944 г. удалось выполнить только первый
контракт, а от второго пришлось отказаться из-за нехватки производственных
мощностей, переориентированных на массовый выпуск истребителей. Впрочем, во
втором квартале ремонтные заводы "люфтганзы" конвертировали в Ju 88S-3 партию из
30 поврежденных бомбардировщиков Ju 88А-4. Не менее десятка из них во второй
половине 1944 г. поступили на вооружение группы II/KG200 (они были переданы из
состава II/KG66). По мнению экипажей, несомненным достоинством Ju 88S-3 являлась
его способность поднимать до 2000 кг бомб, в том числе две 1000-килограммо-вых.
В июле 1944 г. в составе KG30 имелось 26 Ju 88S-3, а в декабре 1944 г. 57
самолетов Ju 88S-3 состояли на вооружении I и II/LG1.
В декабре 1943 г. министерство авиации распорядилось о постройке небольшой
партии бомбардировщиков Ju 88S-4, отличавшихся от S-3 наличием большой
деревянной гондолы-бомбоотсека под фюзеляжем. Это означало возврат к идее,
опробованной еще на модификации А-15. И результат оказался предсказуемым -
ухудшение аэродинамики привело к сокращению дальности полета на 40 %, до 1800
км. Оценив последствия, в феврале 1944 г. министерство авиации отказалось от
реализации уже выданного заказа.
Наконец, в марте 1944 г. приняли решение модернизировать часть ранних Ju 88S в
вариант S-5. На этот раз силовая установка включала два двигателя Jumo 211G с
турбокомпрессорами ТК 11. Было построено два прототипа (Ju 88V93 и V94), однако
доводка турбокомпрессоров затянулась более чем на год. В апреле 1945 г. обе
машины находились на аэродроме в Дессау, но полетов не совершали из-за
отсутствия топлива.