Разработчикам уникального космического комплекса пришлось решать множество самых разных задач, в т.ч. проблему транспортировки крупногабаритных блоков ракеты и самого ВКС с завода на космодром, а также с места посадки на завод для подготовки к следующему старту. Исследования показали, что лучшим способом является воздушный, и руководители «Энергии» обратились за помощью к О.К.Антонову. Специалисты его ОКБ рассмотрели возможность модернизации под эту задачу Ан-22 и пришли к выводу о ее нецелесообразности, планируя в дальнейшем получить специальный самолет на базе создаваемого Ан-124. Но решение требовалось найти быстро, хотя бы временное. В этих условиях как нельзя кстати пришлось предложение Мясищева использовать для создания необычного транспортного средства стратегический бомбардировщик ЗМ.

На ЭМЗ тема получила шифр «3-35», а самолет обозначение ЗМ-Т («Т» - транспортный). На этапе эскизного проектирования рассматривалось несколько вариантов переделки бомбардировщика, и выбор сделали в пользу наиболее простого. Он предусматривал оснащение ЗМ новым двухкилевым оперением и узлами для перевозки грузов сверху фюзеляжа, что позволяло транспортировать изделия, длина которых была соизмерима с длиной носителя, а поперечные габариты значительно превышали его мидель. На эту тему в ОКБ шутили:

   Для перевозки этой тары
   Был непригоден метод старый.
   Сидели, думали, и вот:
   Вам двухэтажный самолет.
   Хотя дешевле во сто крат
   Большой-большой аэростат.

Новому самолету предстояло перевозить 4 варианта груза: ОГТ - собственно ВКС, весивший более 50 т и ставший самой тяжелой ношей; 1ГТ - водородный бак ракеты-носителя с обтекателями общей длиной около 40 м и диаметром 7,78 м (размеры фюзеляжа «эмки» 51x3,5 м!); 2ГТ - носовой обтекатель, кислородный бак и два негерметичных отсека ракеты; ЗГТ - возвращаемые на завод носовой и хвостовой обтекатели от груза 1ГТ.

Во время работы над проектом в аэродинамических трубах ЦАГИ прошли обширные исследования моделей будущей транспортной системы. Для проведения прочностных испытаний вывели из эксплуатации и превратили в статмашину самолет ЗМ №1504.

Проектирование ЗМ-Т велось полным ходом, когда 14 октября 1978 г. скончался Генеральный конструктор Владимир Михайлович Мясищев. Исполняющим обязанности руководителя ЭМЗ был назначен главный прочнист фирмы В.А.Федотов, на плечи которого и легли заботы о завершении создания необычного «транспортника». Во второй половине 1979 г. на опытное производство ЭМЗ поступили два выделенных ВВС самолета ЗМН-2 (№№1402 и 1502). Их переделка велась в тесной кооперации со многими предприятиями министерств авиапромышленности и общего машиностроения, в частности, с заводом им. Хруничева, Ташкентским и Омским АПО. На каждой «эмке» провели обширный комплекс доработок, в том числе установили новую хвостовую часть и оперение, значительно усилили шасси и планер (например, отъемные части крыла стали трехлонжеронными), зашили бомболюк, демонтировали все вооружение.

В конце 1980 г. самолет №1402 передали для проведения наземного цикла испытаний. В марте следующего года начались пробежки, а 29 апреля экипаж, возглавляемый А.Кучеренко, впервые поднял эту машину в воздух. Первый этап испытаний, несмотря на всю их уникальность, завершился в сжатые сроки, и уже в апреле 1982 г. состоялись два транспортных рейса по маршруту Куйбышев-Ленинск (Байконур), которыми на космодром были доставлены грузы 1ГТ и 2ГТ. В том же месяце первый полет с макетом груза 1ГТ совершил и самолет №1502.

Интересно, что когда один из этих кораблей, выкрашенный в цвета Аэрофлота и с надписью на борту ЗМ-Т, попал на глаза бдительному режим щику, тот категорически потребовал закрасить обозначение, свидетельствовавшее о бомбардировочном прошлом самолета. Этого делать не стали, но цифру «3» исправили на букву «В» и получили ВМ-Т, хотя по всем документам машина продолжала проходить под прежним обозначением (когда самолет стали показывать на различных авиа-шоу, некоторые печатные издания расшифровали эти три загадочные буквы, как «Владимир Мясищев-транспортный»). Позднее самолет получил собственное имя «Атлант».

В 1983 г. начались испытания с закрепленным на фюзеляже макетом ВКС, у которого отсутствовал киль, а в хвостовой части был установлен обтекатель. Весил он меньше «Бурана», немногим более 45 т. С 1 по 25 марта в Жуковском состоялись 8 полетов, последний из которых закончился аварией. Из-за ошибки второго летчика при выпуске шасси передняя опора не была зафиксирована вдоль продольной оси и стала неуправляемой, в результате чего при посадке с боковым ветром самолет снесло с ВПП. Он зарылся в грунт по ступицы колес, а затем при вытаскивании тракторами на полосу получил повреждения. Макет ВКС благополучно сняли тяжелыми кранами со «спины» пострадавшего самолета, а его самого пришлось отправить в ремонт, который затянулся до ноября.

В конце 1984 г. машину №1402 вновь оснастили системой дозаправки. Предполагалось, что это позволит выполнять перелеты с грузами без промежуточных посадок. После доработки провели несколько «сухих» испытательных контактов с танкером ЗМН-2, однако, по имеющимся данным, ни одной дозаправки в воздухе во время транспортных рейсов выполнено не было.

Во второй половине восьмидесятых работы по программе УРКТС вышли на стадию летных испытаний, и весной 1987 г. самолеты ВМ-Т доставили на космодром компоненты системы для их окончательной сборки и подготовки старта. Увы, первый запуск закончился аварией - гигантская ракета и стотонный спутник упали в океан. Это несчастье значительно усилило позиции противников программы, среди которых были не только партфункционеры горбачевского ЦК, но и видные конструкторы-ракетостроители. Например, против системы «Энергия-Буран» в том виде, в котором она тогда существовала, выступал Герой Советского Союза известный космонавт, а в середине 1980-х гг. один из главных конструкторов космической техники Б.Феоктистов.

И все же еще один запуск подготовить удалось. С помощью ВМ-Т на космодром доставили части второй УРКТС, а также «боевой» ВКС. «Буран» прибыл на Байконур уже с килем, однако без многих систем, так как грузоподъемность «эмки» не позволяла транспортировать его собранным полностью. Состоявшийся 15 октября 1988 г. беспилотный запуск завершился знаменитой триумфальной посадкой, однако этот успех на дальнейшую судьбу программы никак не повлиял. Вскоре работы свернули, и пара «Атлантов» осталась не у дел. В общей сложности они совершили около 150 испытательных и коммерческих полетов.

На ЭМЗ им. В.М.Мясищева пытались найти применение уникальным спецсамолетам. В 1990-е гг. среди различных проектов рассматривался вариант использования ВМ-Т для воздушных испытаний ракетного двигателя на криогенном топливе Д-57, заинтересованность в котором проявляла Индия. Велись также предварительные проработки по созданию на базе самолета ЗМ огромных транспортных систем, предназначенных как для перевозки различных негабаритных грузов, так и для воздушного запуска перспективных ВКС. Однако пока все эти проекты остаются на бумаге.