Следующей гражданской модификацией МБР-2 стал транспортный гидросамолет МП-1T. Под этим обозначением эксплуатировались снятые с вооружения МБР-2-М-17 ранних серий. С них снимали все вооружение, в зоне кабины стрелка-радиста создавали грузовую кабину с усиленным полом и приспособлениями для крепления грузов. По существовавшим нормам, МП-1T брали на борт до 500 кг.

Сразу же после запуска в серию МБР-2-М-34 его разработчик и ГВФ вышли с предложением о создании пассажирского варианта машины. Первоначально ГУАП отнеслось к этому отрицательно, указывая на напряженный план завода №31 по выпуску боевых самолетов. Тем не менее, в 1936 г. на основе МБР-2-М-34 была создана и серийно строилась шестиместная пассажирская летающая лодка МП-1 бис, оснащенная невысотным двигателем АМ-34Б.

Кроме стандартных МП-1 и МП-1 бис, в гражданской авиации использовались единичные экземпляры летающих лодок, приспособленные для решения специальных задач. Так, несколько МП-1 бис, оборудованных аэрофотоаппаратами, находились в распоряжении Главного управления геодезии и картографии.

Начиная со второй половины 1930-х гг., МП-1, а затем и МП-1 бис стали поступать в управления гражданской авиации на Севере, в Сибири и на Дальнем Востоке - в места, где не хватало аэродромов, зато изобилующие реками и озерами. Благодаря МП-1, начали действовать воздушные линии по реке Лене из Иркутска до бухты Тикси и по Енисею из Красноярска до Дудинки. Летающие лодки возили пассажиров из Хабаровска в Николаевск-на-Амуре и на Сахалин, работали на почтово-пассажирских линиях Мурманск-Ленинград, Мурманск-Архангельск, Ленинград-Петрозаводск. Работали они и на Юге, обслуживая линии Одесса-Сухуми-Батуми и Одесса-Ялта. Помимо пассажиров, МП-1 возили почту и самые различные грузы - от пушнины и золота до прессованного сена. Иногда дело доходило до курьезов. Однажды один ретивый хозяйственник поинтересовался, можно ли на гидросамолете перевезти лошадей. На что ему, не без юмора, ответили, что это возможно, но только лошади должны быть в разобранном виде.

Широко использовала МП-1 Полярная авиация и авиационные подразделения различных организаций и наркоматов. Так, в августе 1935 г. командир авиаотряда Акционерного камчатского общества (АКО) И.М.Макаров перегнал из Владивостока в Петропавловск-Камчатский полученный МП-1. Использовались бериевские летающие лодки также для аэрофотосъемок, ледовой и рыбной разведки, изыскательских работ на БАМе, в Дальстрое, при строительстве Комсомольска-на-Амуре.

На июнь 1941 г. только в ГВФ числилось 55 бериевских летающих лодок. Поскольку с началом Великой Отечественной войны советская авиапромышленность практически прекратила постройку гидросамолетов, то вплоть до начала поставок американских «Каталин» парк МП-1 и МП-1бис был основным источником восполнения потерь гидроавиации ВМФ. Заложенная при проектировании высокая степень унификации МП-1 и МБР-2 позволяла быстро переоборудовать гражданские машины в боевые. За всю войну флот получил с заводов всего около 50 новых гидросамолетов, а от других ведомств - 141, в основном, мобилизованных МП-1.

После окончания второй мировой войны МП-1 еще некоторое время эксплуатировались в ГВФ, пока их не вытеснили переданные из Вооруженных Сил «Каталины».

На специально подготовленном МП-1бис было установлено шесть женских мировых рекордов. Сначала 22 мая 1937 г. летчица П.Д.Осипенко установила рекорд высоты полета. Спортивные комиссары зарегистрировали 88б4 м, что на три с лишним тысячи метров превышало прежнее достижение. 25 мая в двух полетах она установила рекорды высоты с грузом 500 и 1000 кг.

Отважная летчица не остановилась на этих достижениях. Вместе с М.М.Расковой и В.ФЛомако она подала рапорт на имя наркома обороны КЕ.Ворошилова с просьбой разрешить выполнение перелета на МП-1 бис из Севастополя в Архангельск. Нарком не возражал при условии, что конструктор самолета подтвердит техническую возможность его осуществления. Бериев, к которому обратились летчицы, после проведенных расчетов максимальной дальности при допустимой перегрузке на взлете дал «добро». Сразу же в Таганроге началась подготовка к перелету, в которой участвовали работники ЦКБ МС и завода №31 - рабочие, инженеры, летчики. Сам знаменитый перелет состоялся 2 июля 1938 г. Вылетев ранним утром из Севастополя, женский экипаж прошел по маршруту до Киева и дальше на Новгород и Архангельск (озеро Холмовское). Расстояние в 2416 км удалось преодолеть за 10 ч 33 мин со средней скоростью 228 км/ч, установив новый мировой рекорд для женщин в классе гидросамолетов.