В 1925 г., менее чем через год после начала эксплуатации, о "

Фоккере", называемом у нас ФД-XI, стало известно почти все. В целом самолет оценивался положительно. По результатам обмеров и проверки регулировки, проведенной в НОА, различали самолеты 1-й серии (№2100) с углом установки верхнего крыла 0° и самолеты второй серии (№4752,4765) с углом установки верхнего крыла минус 1°40'. К недостаткам относили недостаточную прочность фанерной обшивки крыла (она трескалась), что особенно проявилось в 9-й эскадрилье 6-й авиабригады в Смоленске. Слабые  моторамы двигателей приходилось усиливать - в основном эту работу проводил авиазавод №1.

В Западном военном округе на части ФД-XI установили дополнительный масляный бак на 20 кг, и сразу же после этого стали происходить случаи капотирования самолета при посадке. "Фоккер" и без того имел склонность к капотированию по причине малого выноса шасси, а дополнительный маслобак еще более сместил центровку вперед, и капоты стали случаться чаще. В УВО проблему расхода масла разрешили особой регулировкой двигателя. За весь летний сезон 1925 г. здесь произошло всего два капота.

В 1928 г. велись испытания первых 7 ФД-XI, прошедших восстановительный ремонт на заводе №39. Так как процент восстановленных элементов был весьма значителен, эти самолеты – заводские №4744, 4656, 4802, 4738, 4789, 4674, 4782 - назывались "нашими", в отличие от голландских. Испытания на штопор вел Пионтковский; по его мнению, "наши" из штопора выходили нормально, то есть практически самостоятельно.

К 1929 г. ФД-XI выслужили уже все сроки. При острой нехватке истребителей срок службы этих машин продлили. Ремонтом занимались авиазаводы "Промвоздух" - московский №39 "Авиаработник" и киевский №43. При этом ремонт осуществлялся серьезный, скорее это было даже воспроизводство. Для самолетов изготавливались новые плоскости, ферму фюзеляжа усиливали (подваривали), в некоторых местах укрепляли бужами. Так, в 1929 г. на "Промвоздухе" восстановили 12 ФД-XI (серийные № 4738, 4765, 4782, 4789, 4793, 47802, 4666, 4765, 4766, 4752, 4795). Естественно, переделки вели к увеличению веса и к более задней центровке, что представляло определенную опасность при выполнении штопора. Например, в 63-й отдельной авиаэскадрилье при взвешивании самолета №4744 с полетным весом 1382,5 кг центровка составила 39,2% САХ.

Основную часть усовершенствований на киевском заводе №43 делали по предложениям Д.Л.Томашевича. В частности, он занимался переделкой пилотского кресла, что было связано с внедрением парашютов "Ирвин". Парашют имел в сложенном положении габариты 400x350x150 мм. При его установке посадка пилота в кабине значительно повышалась; как утверждал один из летчиков, "мы буквально по пояс высовываемся из кабины".

Еще в 1928 г. инженер Шекунов предложил укрепить крылья ФД-XI, введя дополнительную третью стойку. Таким образом, межкрыльевые стойки становились "И" - образными, а коробка крыльев обретала большую жесткость. Дело не двигалось в течение года, наконец, летом 1929 г. на заводе №39 таким образом переоборудовали самолет № 4777. Вес увеличился на 5-6 кг, центровка с полной нагрузкой составила 37,2%. 29 августа этот ФД-XI на Центральном аэродроме облетал летчик Пионтковский, который в первом полете отметил вибрацию тросовых расчалок. Оказалось, что они ослабли в местах скручивания. После натяжения все полеты проходили нормально.

С появлением в Голландии новых, более совершенных D.XIII возникли дискуссии о возможной закупке таких истребителей. Одновременно от инженера Александрова, сотрудника завода "Авиаработник", в октябре 1927 г. поступило предложение устанавливать на имеющиеся ФД-XI в процессе ремонта при проведении соответствующих усилений двигатели "Лоррен Дитрих" мощностью 450 л.с. Соответствующие расчеты провели С.Я.Макаров, Н.Н.Малинин, В.В.Калабин. Летом 1929 г. самолет полностью изготовили на авиазаводе №39, поэтому в его отношении использовалось обозначение И-39. Длина самолета увеличилась почти на 600 мм за счет более длинной носовой части и небольшой вставки в хвосте, оперение изменилось по форме и размерам. Конструкцию крыла усилили, элероны установили уширенные без компенсаторов. Шасси увеличилось по высоте на 170 мм, вынос вперед - на 40 мм.

Самолет имел серийный №4749, двигатель ЛД №19028, воздушный винт диаметром 2,57 мм. Испытания в период с июля 1929 г. по январь 1930 г. провел летчик И.Г.Савин. Признавалось, что установка более мощного двигателя не дала заметного увеличения характеристик, одновременно вес пустого аппарата возрос на 200 кг. Дальнейшие работы по И-39 признали нерациональными, самолет передали в войсковую часть для тренировки.

В.Б.Шавров упоминает о постройке двух экземпляров И-39, однако подтверждения тому не обнаружено. Известно также и о работе по установке на ФД-XI двигателя "Нэпир Лайон" мощностью 450 л.с. В данном случае все сведения ограничиваются наличием технических и летных характеристик, возможно, расчетных. Эксплуатации ФД-XI в СССР продолжалась в течение 10 лет. В 1927 г. числилось 112 экземпляров, в 1930 г. - 87, в 1931 г. - 52 (из них 36 неисправных) ФД-XI. По состоянию на 1 января 1933 г. оставалось 9 летных и 17 неисправных "фоккеров". Возможно, отдельные экземпляры ФД-XI использовались авиашколами и позднее.