Фактически Ju 388 был последней попыткой продлить жизнь базовой конструкции Ju 88, последовательно усиливаемой и модифицируемой в процессе производства. С запуском программы "Губертуса" в сентябре 1943 г планировалось создание трех его основных вариантов: высотного всепогодного истребителя Ju 388J; высотного бомбардировщика Ju 388K; высотного разведчика Ju 388L.

Были заказаны опытные машины всех трех основных моделей Ju 388 с использованием узлов Ju 188. Приоритет был отдан разведывательному варианту. Фактически только эта модификация и дошла до серийного производства, но реально успели выпустить около десятка разведчиков Ju 388L...

Созданию же на базе Ju 388 высотного ночного всепогодного перехватчика было вызвано скорее не необходимостью в таком самолете, так как люфтваффе получали уже, правда, в очень ограниченном числе отличный ночной перехватчик Не 219 "Уху", а закулисными интригами в высших эшелонах командования люфтваффе.

Главным инициатором создания на базе Ju 388 истребителя являлся заместитель Геринга фельдмаршалл Эрхард Мильх, отвечавший за техническое обеспечение люфтваффе (то есть состоявший в должности генерал-люфтцойгмейстера). По-видимому, такая настойчивость Мильха объяснялась его антипатией к Не 219 и лично к Хейнкелю, хотя на начало 1944 г возможная эффективность Ju 388 была еще под вопросом, а Не 219 уже успешно воевал. Тем не менее 25 мая 1944 г департамент генераллюфтцой-гмейстера издал директиву о прекращении производства Не 219 и разворачивании выпуска Ju 388J и Та 154. Истребитель на базе Ju 388 при этом получил кодовое обозначение "Штертебекер" (в честь легендарного немецкого пирата). Через несколько дней Альберт Шпеер - министр вооружения, хорошо знакомый с истинным положением дел, отклонил решение Мильха. Но важность, которая все еще придавалось "Штертебекеру", можно оценить по тому факту, что даже после принятия срочной истребительной программы, работы по Ju 388 не были свернуты. Главным побудительным мотивом для работ по Ju 388 Мильх считал возможность за счет унификации узлов и разворачивания массового производства резко снизить стоимость нового истребителя по сравнению с Не 219, но дальнейшие события показали, что Мильх был не прав.

Истребитель Ju 388 должен был иметь тот же планер, что бомбардировщик и разведчик. Прототип всепогодного перехватчика Ju 388 V2 был переделан из Ju 188T. Его летные испытания начались в январе 1944 г. Оборудование включало дистанционно-управляемую установку MG 131Z/ FA 15, которая планировалась для всех вариантов Ju 388. На опытном самолете был установлен локатор "Лихтенштейн" SN-2 с "оленьими рогами". Наступательное вооружение состояло из двух 20-мм пушек MG 151 со 180 снарядами на ствол и двух 30-мм пушек МК 108 со 110 снарядами на ствол. Пушки монтировались во внешнем обтекателе "ваффентропфен", установленном со сдвигом к левому борту. Гермокабина обеспечивала размещение пилота, двух наблюдателей и радиооператора. Кабина обеспечивала перепад давления в 0.25 кг/см2. Остекление кабины было двойным - частично из бронестекла, частично из плексигласа. Химический поглотитель влаги между двойным остеклением исключал запотевание. Задняя стенка кабины формировалась бронеперегородкой. Входной люк в правой части пола кабины в чрезвычайной ситуации можно было открыть с помощью сжатого воздуха.

Хвостовая установка FA наводилась с помощью перископа PVE 11, обеспечивающего обзор 60° по горизонту и 45° по вертикали. Спарка 13-мм пулеметов MG 131 в установке имела боезапас 600 патронов. Задержка с доводкой этой установки сказалась на производстве Ju 388J. Первую серийную модель J-1 решили выпускать без нее, а второй и третий опытные истребители Ju 388 V4 и V5 также были поставлены без FA 15. Эти самолеты несколько отличались от V2. Они получили установку "шраге музик" из двух 20-мм пушек MG 151с 200 снарядами на ствол. Пушки могли стрелять под углом 70° к горизонту. Локатор "Лихтенштейн" был заменен на FuG 218 "Нептун", антенны которого частично закрывал деревянный обтекатель. Там же располагался приемник излучения британского локатора H2S - FuG 350 "Наксос''-Z. Кроме того, в хвостовой части ставилась дополнительная антенна. В оборудование входили радиостанции FuG 10 и FuG 16ZY, радиовысотомер FuG 101а, радиокомпас PeGe 6, приемник системы посадки FuB 12.

Все три опытных самолета получили двигатели воздушного охлаждения BMW 801TJ с турбокомпрессорами, развивавшие на высоте 12300 м 1410 л.с. и дававшими 60 кг тяги выхлопа. Их планировали также ставить и на серийные Ju 388J-1. Поставки последних планировали начать в январе 1945 г, но ситуация в войне заставила свернуть все работы еще за месяц до начала производства. К тому времени с марта 1945 г планировалось выпускать Ju 388J-2, отличавшиеся только установкой хвостовой стрелковой установки с перископом. Параллельно планировалось выпускать Ju 388J-3 с двигателями жидкостного охлаждения Jumo 213E-1 с системой впрыска водно-метаноловой смеси. В крыло должны были ставиться два 150-л бака под смесь MW 50, а также сбрасываемый бак на 725 л.

Дальнейшее развитие истребителя связывалось с установкой на модификацию Ju 388J-4 так называемой "ваффенванне" - "ванне вооружения", монтируемой под фюзеляжем с двумя 50-мм пушками МК 114. Всего за две недели до прекращения всей программы на совещании у генерал-люфтцойгмейстера 22 ноября 1944 г несколько минут было посвящено рассмотрению вопроса о Ju 388J. Было решено ускорить создание для него двигателя DB 603F, призванного заменить и BMW 801TJ, и Jumo 213E-1. Во внимание даже не приняли, что новый двигатель - развитие DB 603 с мощным турбонаддувом и впрыском MW 50, доводящие мощность до 2400 л.с, можно будет получить только со второй половины 1945 г. В условиях развала "третьего рейха" программа создания нового ночного истребителя, да еще рожденнная в результате закулисных интриг, была с самого начала обречена на провал. Так что результат был закономерен.