Основой S-49 послужил советский истребитель Яковлева Як-9. Самолет представлял собой свободнонесущий низкоплан смешанной конструкции и имел убирающееся шасси с хвостовым колесом. Опытный образец, совершивший первый полет в 1948г., был оснащен советским двигателем Климова ВК-105ПФ-2 мощностью 1244 л.с. На новый самолет поступил правительственный заказ на 45 самолетов, которые были сданы до 1951 года и поступили на вооружение 204-го и 117-го ИАП в Земуне. Оба подразделения сменили несколько аэродромов, пока в 1957 истребители не были сняты с вооружения.

Таким образом, истребители Ikarus S-49A послужили основой югославской авиации в самый критический для нее период. Один Ikarus S-49A No 2319/19 находится в Белградском музее авиации, правда реставрировать его руки еще не дошли..

Однако послевоенная дружба Сталина с Тито продолжалась недолго. В 1951-м "лучший друг" советских авиаторов заклеймил своего югославского коллегу как агента мирового империализма и отношения между странами перешли в состояние настоящей "холодной войны". Разрыв отношений с СССР больно ударил и по югославской авиации. Прекратились поставки запчастей и самолётов, а из Советского Союза срочно выгоняли всех специалистов, обучавшихся в наших институтах, академиях и лётных училищах. Из случившегося Тито сделал свои выводы, и в дальнейшем Югославия всегда старалась ни в чём не зависеть (включая авиапромышленность) от других стран и всё необходимое по возможности производить на своих заводах. Независимость от других стран дело, конечно, хорошее, но Югославия ещё не оправилась от последствий войны и пока самостоятельно не могла обеспечить свои ВВС современными самолётами. Поэтому одновременно с разработкой истребителя S-49A в ноябре 1951-го подписали договор о военном сотрудничестве с США и Великобританией. И вскоре югославские ВВС получили 140 "Москито", 150 "Тандерболтов", а в дальнейшем и другую западную авиатехнику. После смерти Сталина стали искать способы восстановления отношений с Югославией и советские лидеры. Первым с Тито встретился Хрущёв, и в 1957-м возобновились поставки советской военной техники в Югославию, которые продолжаются до сих пор.

Тем не менее, Югославия продолжала укреплять и развивать свою авиапромышленность, готовясь выпускать весь спектр летательных аппаратов. Строились также новые предприятия по выпуску различного авиаоборудования. С 1949-го в г.Прва Петолетка начали собирать узлы шасси и гидрооборудование. Завод в Раковице значительно расширили, и он продолжал выпускать авиадвигатели, а инженеры из Баня Лука создавали радио и электрооборудование. В 1951-м приступил к работе авиазавод "Soko" в Мостаре (Босния-Герцеговина), ставший одним из главнейших сборочных предприятий страны, причём не только авиационных. На большом предприятии, состоявшем из нескольких заводов, стали выпускать сборные дома, холодильники, трансмиссии для автомобилей, тракторов и многое другое. Авиационный заказ "Soko" начался в 1952 году со сборки крыла и хвостового оперения для истребителя S-49C.

Через три года после принятия на вооружение Ikarus S-49A была разработана и цельнометаллическая версия этой машины - S-49C. На новый самолет, который предполагалось использовать как истребитель, истребитель – бомбардировщик и разведчик поставили французский движок Hispano Suiza HS 12Z-17. Кроме того, военным была предложена версия Ikarus S-49В с немецким двигателем DB-605, но для серийного производства был выбран именно Ikarus S-49С. За несколько последующих лет было выпущено 112 самолетов этого типа.

В процессе эксплуатации было улучшено вооружение: под крыльями смонтировали ПУ для неуправляемых ракет HVAR и контейнеры для пушек MG-151 или пулеметов Colt Browning M2 12,7- мм. Кроме того, в войсках часть машин переоборудовали для несения двух 50-кг бомб.

Появление реактивных самолетов вытеснило истребители с вооружения и сейчас только один экземпляр (S-49 C No 2400/400) находится в экспозиции Белградского авиационного музея.