Первый полет прототипа самолета (c/n 526) состоялся 3 марта 1921 года. Затем самолет разобрали и переправили в Нидерланды, где и была закончена программа испытаний. До 1923 года K16 находился в одном из ангаров завода Fokker, а затем был показан на авиавыставке в Гетеборге.

Лишь в 1924 году на заводе в Дессау был изготовлен первый серийный самолет K16a. Он отличался от прототипа новым шасси, улучшенной аэродинамикой и двигателем Siemens Sh 5 мощностью 85 л.с. Это позволило увеличить полезную нагрузку самолета до 315 кг и достичь максимальной скорости в 170 км/ч.

Вслед за первой серийной модификацией в 1924 году последовали еще две е - K16ba с новым крылом (размах увеличен до 12.80 м по с сравнению с 11 м у прототипа) и K16be - вариант K16ba с двигателем Bristol Lucifer (100 л.с.). В 1927 году появилась на свет еще одна модификация - K16bi - вариант K16ba с двигателем Siemens Sh 12 (125 л.с.), а в следующем - последняя, K16bo с двигателем Walter NZ-120 (120 л.с.).

Всего было произведено 17 экземпляров самолета. Несмотря на попытки Junkers Flugzeugwerke пристроить в авиакомпании K16 как дешевый вариант F13, заказов на пассажирский вариант практически не поступило. Большей частью самолет использовался как частный туристический и спортивный. На  последнем поприще K16 добился значительный успехов как во внутренних, так и международных соревнованиях.