Первый полет опытного самолета EMB-314 Super Tucano состоялся 9 сентября 1991 года. Эта машина с сентября по август 1992 года проходила испытания в США в рамках программы JPATS (перспективный учебно-тренировочный самолет для ВВС и ВМС США), однако не добилась успеха; предпочтение было отдано другому турбовинтовому самолету - швейцарскому УТС Пилатус РС-9.

Кроме основной задачи по подготовке армейских пилотов, самолет может так же привлекаться для выполнения следующих задач - противопартизанские миссии (COIN mission), патрулирование районов, проведение боевых разведывательных операций. Кроме того самолет привлекается в рамках системы контроля Амазонки SIVAM (Sistema para Vigilancia de Amazonas), в основе которой - патрульные самолеты R-99 (ЕМВ-145).

Для этих целей на самолете установлена система отображения данных на шлеме пилота интегрированная в новую систему управления оружием созданной на базе цифровой шины MIL-STD-553B и работающую по стандарту HOTAS (Hand On Throttle and Stick). На самолете установлена система генерирования кислорода OBOGS. A-29 может нести до 1500 килограммов вооружения, в т.ч. ракеты "воздух-воздух" МАА-1 "Пиранья" (Piranha), пушку, неуправляемые ракеты и бомбы.

ВВС Бразилии к настоящему времени заказали 76 таких машин (с опционом еще на 23), из которых около 30 уже поставлены. Первым зарубежным заказчиком "Супер Тукано" стала Колумбия, подписавшая в декабре 2005 г. контракт стоимость 235 млн долл. на приобретение 25 таких самолетов.