Еще до аварии, 6 ноября, Авиатрест и Управление ВВС заключили соглашение о постройке четырех опытных гидросамолетов, из них трех - с деревянными поплавками Поликарпова. Четвертый МР-1 предстояло оснастить более легкими металлическими поплавками немецкого инженера Мюнцеля. Особенностью их конструкции было сочетание гладкого днища и профилированных (изготовленных из листа волнообразного сечения) боковин. Самолет (с/н 3030) был построен на ГАЗ No.1 и испытан в сентябре-октябре 1927 г. летчиком Я.Н.Моисеевым. Разведчик продемонстрировал удовлетворительные мореходные качества, однако по традиционной для тех лет причине - ввиду дефицит дюралюминия, остался в единственном экземпляре.

Для серии выбрали МР-1 на поплавках Поликарпова. Они выполнялись в основном из фанеры, при этом толщина бортов и верхней части составляла 2-3 мм, а днища - 4 мм. Поверх фанеры днище обшивалось досками красного или тикового дерева, редан усиливался деревянной прокладкой, стыки укреплялись полосками фольги. После сборки поплавки красились жидкими белилами и обклеивались перкалем. На верхней поверхности набивались деревянные рейки для удобства передвижения техперсонала. Между рейками на каждом поплавке имелось по семь металлических крышек (люверсов) для доступа в водонепроницаемые отсеки. Место соединения поплавков со стойками прикрывалось дюралевыми обтекателями.

Конструкция самого самолета подверглась очередному перерасчету для обеспечения прочности при посадке на волну. Стойки поплавков усилили, использовав для их изготовления стальные трубы диаметром 60 мм с дюралевыми обтекателями. Центровку сделали более передней для облегчения вывода машины из штопора. Под фюзеляжем установили дополнительный радиатор. Площадь вертикального оперения для более эффективного руления на воде увеличили на 20%. Костыль сняли, вместо него установили кольцо для удерживания самолета при спуске на воду. Вместо подкрыльевых дуг поставили швартовочные кольца.

Нижнее крыло покрыли масляным лаком. Для обеспечения доступа к двигателю на передних стойках поплавков сделали подножки. Для передвижения по земле МР-1 комплектовался стандартными спицевыми колесами 800x150 мм, в камеры которых на 1/3 объема наливалась вода -для удобства съема и крепления колес на воде. МР-1 оборудовался складным донным якорем, закрепленным в районе стоек шасси, а также плавучим якорем, представляющим собой парусиновое коническое ведро, хранящееся под сиденьем летнаба. Кроме того, на борту имелись 10-литровый бачок с питьевой водой и специальная продовольственная сумка. Самолет предполагалось использовать и в сухопутном варианте, для чего его можно было переставлять на колесное шасси. При этом подфюзеляжные бомбодержатели ДЕР-3 снимали, чтобы центровка не смещалась назад (впрочем, эти устройства зачастую не ставились и в поплавковом варианте).

Первый "усиленный" МР-1 испытал М.М.Громов в Филях осенью 1926 г. С февраля по апрель 1927 г. испытания машины продолжил на Черном море летчик С.И.Комаренко. Интересен договор, заключенный 21 февраля 1927 г. между представителем Авиатреста И.К.Гамбургом и Комаренко в связи с испытаниями МР-1: "Полное вознаграждение за весь цикл испытаний составляет 500 рублей. В случае, если при испытании в какой-либо его стадии обнаружится необходимость переделок самолета, то испытание прерывается, и Авиатрестом проводятся переделки, по окончании каковых испытание производится вновь с самого начала без особых за то доплат летчику. ...В случае аварии во время испытания, не причинившей никакого вреда летчику, но потребовавшей ремонта самолета, испытание начинается вновь с самого начала по выполнении Авиатрестом ремонта, без особых на то доплат летчику. ...В случае аварии, повлекшей за собой увечья летчика, не позволяющие продолжать испытания, вся сумма вознаграждения безусловно выплачивается летчику. Примечание. По выздоровлении летчика от полученных увечий, если к тому времени испытание не будет выполнено кем-либо другим, испытание производится летчиком без дополнительного вознаграждения". Как видим, испытателей в те времена не так уж и баловали.

Серийный выпуск МР-1 велся в 1927-29 гг., в течение которых построили 124 таких самолета.

В 1927 г. первые морские МР-1 получил 55-й авиаотряд в Николаеве. В 1928-29 гг. такие самолеты поступили на вооружение 66-го авиаотряда и 62-й авиаэскадрильи в Ленинграде (эскадрилья базировалась на Васильевском острове и располагала также "Юнкерсами" JuG-1), 64-го авиаотряда в Севастополе и 67-го речного авиаотряда в Киеве. С 1928 г. МР-1 применялись для обучения в Школе морских летчиков (до 1931 г. размещалась в севастопольской бухте Голландия, затем школу перевели в Ейск). В октябре 1928 г. был сформирован 68-й авиаотряд под командованием Э.М.Лухта как подразделение Амурской военно-морской флотилии. МР-1 также поступали в другие военно-морские части, в т.ч. 87-й и 88-й тренировочные авиаотряды.

Освоение МР-1 в строевых частях порою сталкивалось с непредвиденными трудностями. Так, в 1929 г. летчик НИИ ВВС А.Б.Юмашев получил направление на Балтику для проведения показательных полетов. У балтийских пилотов использование МР-1 осложнилось авариями, вызванными невыходом из штопора. Предоставим слово самому Юмашеву: "Получив предписание, я направился в Ленинград, где представился командующему ВВС Балтморя Авсюкевичу. Он предложил мне сразу следовать на аэродром. Там меня ожидал один из наиболее "неблагополучных" МР-1. Во время его осмотра я обнаружил в задней кабине привязанный груз и попросил снять его. Но инженер заявил: груз установлен на всех самолетах по приказу Авсюкевича, и снять его нельзя. Это подтвердил и старший инженер.

Не вызывало сомнения, что груз перемещает центр тяжести к хвосту, и в этом причина ухудшения штопорных свойств самолета. Летать на нем не имело смысла, и я послал телеграмму Алкснису. Ответ пришел немедленно. Начальнику ВВС Балтморя Авсюкевичу предлагалось выполнять мои указания по подготовке самолета к полету. Только тогда груз сняли, правда, с предупреждением о моей полной ответственности за последствия. Мое положение было не из приятных. Среди летчиков и штурманов не нашлось желающих занять место во второй кабине... Согласился лететь моторист.

Сопровождаемый десятками недоверчивых взглядов, я взял старт. Самолет вел себя в воздухе нормально и под действием увеличенного вертикального оперения делал все эволюции еще лучше, чем Р-1. Я выполнил виражи, перевороты, правый и левый штопор, скольжение и парашютирование, а в заключение приземлился у посадочного "Т" на три точки (Юмашев летал на МР-1, переставленном на колесное шасси. - М.М.). Обстановка сразу изменилась. Летчики удивлялись, как на самолете МР-1 можно совершать такое, просили обучить их этому в воздухе. Изменило свое отношение и командование".

В июле 1930 г. на вооружении состояли 67 самолетов МР-1, из них 19 - в Прибалтийском военном округе, 21 - на Черноморском флоте, 8 приходилось на ОКДВА и 19 - на школу морских летчиков в Ейске. По состоянию на 1 января 1931 г. в составе военно-морской авиации числился 71 МР-1. В это время общее количество Р-1 в Красной Армии достигло максимума и составило 1687 экземпляров (включая Р-2), из них собственно Р-1 было 1510. Из общей численности самолетов в 5224 ед. это составляло почти треть.

К январю 1932 г. в боевых частях флотов оставалось семнадцать МР-1 и еще 29 использовались в Ейской школе. В течение 1932 г. части морской разведки расстались с МР-1, заменив его на самолет Savoia S.62bis. В январе 1933 г. в Ейской школе еще числилось 56 самолетов МР-1, но и они (кроме двух) к ноябрю были списаны.