Разработка самолета Бе-12СК производилась в соответствии с постановлением ЦК КПСС и Совмина СССР от 17 августа 1961 г. Тактико-технические требования зам. главкома ВВС по вооружению утвердил 22 декабря I960 г.

Макет и материалы эскизной проработки рассмотрены в период с 21-27 июня 1962 г. в ОКБ-49. Объем доработок серийного самолета был относительно небольшим. С 16 октября 1963 г. по 12 января 1964 г. Бе-12СК проходил совместные государственные испытания, выявившие ряд недоработок. Совместные испытания возобновили 30 марта 1964 г. и 15 мая они успешно завершились.

Внешних различий самолеты не имели. Различие состояло в оборудовании, обеспечивающем безопасность и надежность применения оружия.

В кабине штурмана (летчиков) разместили электрощитки управления сбросом, указатели температуры воздуха в грузовом отсеке, кодоблокировочное устройство РА для исключения несанкционированного применения бомбы.

Принимая во внимание значительный вес бомбы, в грузовом отсеке установили балочный держатель БД4-12СК с замком Дер-4-СК. Ввиду повышенных требований к тепловому .режиму бомбы грузоотсек покрыли изнутри тепловой изоляцией, воздух для системы подогрева отбирался от компрессоров двигателей, установлены также электрообогреватели (изделие 107), имелись узлы для крепления защитной палатки, применяемой на земле для сохранения тепла в грузоотсеке при открытых створках. По бортам лодки проложили дополнительную электропроводку управления боевым и аварийным сбрасыванием.

Для исключения доступа в грузоотсек после подвески бомбы на двери в шпангоуте № 31 установлены два замка, закрытые разными ключами, которые хранятся в опечатываемом пенале.

На самолете сохранена подвеска торпед, бомб и буев.

Бомба «Скальп» предназначалась для применения с высот от 2000 до 8000 м. Подрыв ее происходил на глубинах 200 или 400 м. Воздушный и контактный взрывы не устанавливались. Для поражения подводным взрывом на мелководной акватории предусматривалось замедление срабатывания по времени, дополнительное к имеющемуся (20,4 и 44 с) и равное 100-120 с, считая от момента приводнения, которое необходимо для обеспечения безопасности самолета от взрыва. Через 15 с после отделения бомбы от самолета створки грузоотсека автоматически закрывались.

Вес «Скальпа» составлял 1600 кг, вес держателя - 78 кг, температура в отсеке, которую необходимо поддерживать для надежного срабатывания, - 16-23 град. Радиус поражения подводной лодки с применением «Скальпа» оценивался в 600-700 м. Ввиду значительных размеров бомбы на самолет можно было подвесить только 10 буев на наружные держатели.

Инструкция по применению изделия «Скальп» разработана 12 управлением ВВС с участием представителей 33 центра.

Бомба недолго находилась на вооружении. Ее заменила более компактная бомба с ядерным зарядом. В грузоотсеке установили новый держатель БД4-12Р, замок остался прежним. Появилась возможность подвесить в грузоотсеке до 29 буев. Таким образом, самолет из ударного превратился в поисково-ударный.