Программа разработки и производства вертолетов ЕН-101 несколько раз пересматривалась из-за задержек постройки опытных вертолетов и их летных испытаний, а также из-за затруднений с финансированием. Первый полет первого опытного вертолета состоялся 9 октября 1987 года, а последующих восьми - в 1988-1990 годах. Летные испытания их, проводившиеся с 1987 года, были прерваны из-за катастрофы 21 января 1993г. опытного гражданского вертолета, потребовавшей некоторого изменения конструкции вертолета. За время испытаний опытные вертолеты должны были налетать 4000ч, до катастрофы они налетали 2500ч.

Изменились и программы закупок вертолетов. Флотом Великобритании заказано 44 противолодочных вертолета "Merlin", флот Италии собирается заказать 16 противолодочных вертолетов и зарезервировала свой заказ еще на 8 вертолетов армия Великобритании. Пересматриваются условия закупки вертолетов ЕН-101 для министерства обороны Канады, которое зарезервировало заказ на 35 противолодочных вертолетов и 15 поисково-спасательных. Изучается возможность применения вертолетов для радиолокационного пикетирования в системе раннего обнаружения для кораблей.

Вертолет Merlin HAS Mk.1 (теперь HM.Mk.1) принят на вооружение в ВМС Великобритании в декабре 1998 года. Так же 16 вертолетов передано в 1999 году для ВМС Италии, 8 в роли противолодочного вертолета, 4  в роли вертолетов ДРЛО, 4 в роли транспортного вертолета морской пехоты.

Конструкция вертолета. Вертолет выполнен по одновинтовой схеме с рулевым винтом.

Фюзеляж типа полумонокок. Передняя и центральная части цельнометаллические, одинаковой конструкции для всех трех вариантов. Обтекатель концевой балки и пилон рулевого винта выполнены из КМ. В многоцелевом варианте задняя часть фюзеляжа и хвостовая балка несколько изменены для установки задней грузовой рампы. В палубном варианте концевая балка складывается, откидываясь вперед и вниз, при этом правая консоль стабилизатора размещается под задней частью фюзеляжа. Кабина экипажа оборудована для одного или двух летчиков. В противолодочном варианте в состав экипажа входят также .наблюдатель и оператор акустических систем; для всех членов экипажа используются кресла, рассчитанные на удар при посадке с вертикальной скоростью 10.7м/с. Усовершенствованное оборудование кабины экипажа предусматривает, широкое использование цветных индикаторов на ЭЛТ с многофункциональными клавишными панелями управления для пилотажно-навигационных задач и отображения данных. В многоцелевом военном варианте в грузовой кабине размерами 6.5 х 2.5 х 1.83м, смогут разместиться 30 вооруженных десантников или автомобиль-вездеход, для загрузки которых сзади имеется опускающаяся грузовая рампа. Для входа в грузовую кабину гражданского и многоцелевого вариантов предусмотрена основная дверь с левой стороны размерами 1.54 х 0.94м, служащая аварийным выходом. В центральной части кабины с правой стороны расположена сдвигаемая по направляющим дверь размерами 1.54 х 1.96м, имеющая аварийный люк. Имеются также два аварийных выхода с каждой стороны фюзеляжа, над обтекателями главных стоек шасси. В гражданском варианте кабина рассчитана на размещение 50 пассажиров по 4 человека в ряду (по схеме 2+2 с шагом 0.76м между рядами) и бортпроводника. Предусмотрены помещение для буфета за кабиной экипажа, туалет и багажный отсек в задней части фюзеляжа. Для доступа в багажный отсек предусмотрены люки с каждой стороны фюзеляжа.

Несущий винт пятилопастный, с шарнирным креплением лопастей. Лопасти крепятся к втулке с помощью эластомерных подшипников. Лопасти усовершенствованной конструкции из КМ, имеют изменяемые по длине относительную толщину и крутку. Законцовка сложной формы, разработанная по экспериментальной программе BERP, способствует улучшению аэродинамических характеристик лопасти.

Втулка выполнена из отдельных пластин из КМ с металлической матрицей. Предусмотрено применение электрической противообледенительной системы лопастей, которая для палубного варианта является стандартной. В палубном варианте имеется полностью автоматическая система складывания лопастей. Окружная скорость концов лопастей 204м/с.

Рулевой винт четырехлопастный, диаметром 4.01м, лопасти выполнены из угле- и стекловолокна с заполнителем из номекса и пеноалюминия. Носок лопасти усилен противоэрозионной накладкой из титанового сплава. Втулка имеет эластомерные осевые шарниры. Предусмострено применение противообледенительной системы.

Оперение состоит из стабилизатора и киля, служащего пилоном рулевого винта. Стабилизатор прямой, трапециевидной формы в плане. Имеется небольшой киль под концевой частью хвостовой балки. Для обшивки стабилизатора, киля и концевой балки использованы панели из углеволокна или кевлара, в качестве заполнителя использован номекс. Носок стабилизатора снабжен электрическим противообледенительным устройстввом.

Шасси убирающееся, трехопорное, носовая опора имеет сдвоенные самоориентирующиеся колеса, уборка главных колес шасси производится в боковые обтекатели. Предусмотрены надувные поплавки из полиуретана с использованием кевлара. Выпуск и уборка шасси выполняются с помощью гидравлической системы с тройным резервированием. Номинальное рабочее давление в гидросистеме 20.7 МПа.

Силовая установка из трех ГТД со свободной турбиной Дженерал Электрик Т 700-GE-401 в палубном варианте чрезвычайной мощностью 3 х 1278кВт и максимальной продолжительной мощностью 3 х 1071кВт или СТ-7-6А в многоцелевом и гражданском вариантах чрезвычайной мощностью 3 х 1432кВт и максимальной продолжительной 3 х 1230кВт. ГТД установлены в верхней части фюзеляжа: два по обеим сторонам пилона и один за пилоном несущего винта. Вертолет может совершать взлет и полет на крейсерском режиме при двух работающих двигателях. Управление работой двигателей обеспечивается электронной и резервной механической системами. Двигатели защищены противопожарными перегородками из титанового сплава.

Боковые воздухозаборники, выполненные с применением кевлара, снабжены электрическими противообледенителъными устройствами фирмы "Данлоп". Вспомогательная силовая установка будет использоваться для запуска основных двигателей и привода редуктора вспомогательных агрегатов (электросистемы и гидросистемы). Для вертолета разрабатывается новый ГТД Роллс-Ройс-Турбомека RTM 322, взлетная мощность 1274кВт.

Трансмиссия. Мощность от трех двигателей передается непосредственно на главный редуктор при скорости вращения валов двигателя 20500 об/мин. Главный редуктор четырехступенчатый, с передаточным отношением 97.5 :1. Вал привода рулевого винта расположен между центральным двигателем и ВСУ, скорость вращения вала привода рулевого винта 3312 об/мин, вала рулевого винта - 950 об/мин. Промежуточный угловой редуктор имеет передаточное отношение 1.345:1.

Топливная система включает четыре топливных бака емкостью 1060л каждый, размещенных под полом грузовой кабины. Заправка топливом под давлением обеспечивается через заправочную горловину с правой стороны фюзеляжа. Имеются подкачивающие насосы для подачи топлива из баков. Предусмотрена автоматическая система регулирования расхода топлива. Рассматривается возможность применения системы заправки топливом в полете.

Система управления несущим и рулевым винтами гидравлическая, бустерная, дублированная.

Электросистема имеет основную трехфазную цепь переменного тока (115-200В) с двумя генераторами переменного тока с масляным охлаждением (45 или 90 кВА - в зависимости от варианта), с приводом от правого редуктора и третьим резервным генератором переменного тока, имеющим самостоятельный привод. В цепи постоянного тока имеется никель-кадмиевая батарея.

Электронное оборудование. Работа электронных систем основана на использовании двух мультиплексных систем передачи данных MIL-STD-1553B, которые связывают основные системы управления и специальное оборудование на вертолете. Основным звеном обработки данных системы управления является дублированная ЭВМ, которая осуществляет контроль за пилотированием, управлением и отображением данных, выполняет вычисление летных характеристик и следит за состоянием и функционированием систем, ЭВМ контролирует также работу основной системы передачи данных. К основным системам, обеспечивающим полет, относятся также дуплексная цифровая автоматическая система управления полетом, комплексная подсистема военной связи, доплеровская инерциальная, глобальная и другие навигационные системы. Автоматическая система управления будет включать автоматический указатель направления полета и плановый навигационный индикатор.

Вооружение и специальное оборудование. В противолодочном варианте вертолет может быть вооружен четырьмя самонаводящимися торпедами Маркони "Стинг Рей" или другими видами вооружения и оснащен противолодочной системой Дженерал Электрик AQS-903. В противолодочном варианте предполагается использовать радиолокатор кругового обзора в носовом обтекателе (Ферранти "Блю Кестрел" на английском вертолете); погружаемый гидролокатор; два автомата сбрасывания радиогидроакустических буев; усовершенствованный процессор акустических сигналов; систему радиоэлектронной разведки; маркерные маяки и спасательную лебедку.

Вариант для противокорабельной разведки и слежения во взаимодействии с фрегатом будет оснащен оборудованием для тактической разведки и загоризонтного обнаружения целей, обнаружения и передачи на фрегат координат корабля противника и данных для наведения ракет фрегата. При выполнении заданий по патрулированию определенной ограниченной зоны (740 х 570км) или слежению за надводными объектами на территории площадью 77700км² вертолет оснащен соответствующими радиолокационными средствами.

Многоцелевой вертолет при доставке снаряжения может быть оснащен грузовым тросом, рассчитанным на усилие 5445кг, и различным вооружением.