• система групповой защиты AN/ALQ-99 Tactical Jamming System (TJS), которая может работать в одном из трех режимов: автоматический (обнаружение, опознавание, выбор объектов радиоэлектронного подавления и режимов работы передатчиков помех производятся без участия оператора), полуавтоматический (цели для радиоэлектронного подавления выбирает оператор) и ручной (оператор сам оценивает радиоэлектронную обстановку и определяет режим постановки помех);

• станция AN/ALQ-92 для радиоэлектронного подавления радиосвязи противника и прежде всего для подавления радиосредств управления истребителями ПВО противника;

• станция индивидуальной защиты AN/ALQ-126, осуществляющая постановку ответно-импульсных помех и срыв автосопровождения цели РЛС управления оружием и радиоэлектронными головками самонаведения противника для защиты самого самолета ЕА-6В;

• разведывательный приемник AN/ALP-42, обеспечивающий работу двух систем постановки помех - AN/ALQ-99 и AN/ALQ-126. Полученные с помощью приемника данные о радиоэлектронной обстановке обрабатываются центральной бортовой ЭВМ, которая согласовывает работу всех устройств радиоэлектронного подавления.

Кроме станции индивидуальной защиты AN/ALQ-126, самолет оснащен также автоматами ANALE-29A и -39, которые производят отстрел пиропатронов с дипольными отражателями, инфракрасными ловушками или сбрасываемыми передатчиками помех одноразового пользования. Команда на отстрел дается вручную членами экипажа или автоматически от системы предупреждения о радиолокационном облучении.

С 1976 года на вооружение стал поступать вариант ICAP (Improved Capability), на котором устанавливались новые индикаторы, многодиапазонная станция AN/ALQ-126, модернизированные системы перехвата сигналов РЛС, а также система автоматической посадки на авианосец. 45 таких самолетов были построены "с нуля", а еще 17 машин базовой версии и модификации ЕХСАР были доведены до нового стандарта ICAP.

В июне 1980 года первый полет совершил самолет, модернизированный по программе ICAP-II, - модернизация коснулась средств отображения информации и программного обеспечения. По данному варианту были модернизированы все 55 остававшихся в строю самолетов, причем самолеты в данном варианте продолжают нести боевую службу и сейчас, проводятся лишь незначительные доработки отдельных систем. Экипаж самолета по-прежнему состоит из четырех человек, но теперь самолет может вооружаться противорадиолокационными УР типа AGM-88A HARM, что позволяет ему более эффективно подавлять РЛС систем ПВО противника. Модификация ICAP-11/Block 86, получившая такую возможность, легко отличима по трем установленным дополнительно антеннам сверху и снизу фюзеляжа.

В рамках программы ICAP-II авиация ВМС и КМП США получала как новые, так и модернизированные самолеты, К настоящему времени такие самолеты РЭБ находятся на вооружении 12 эскадрилий ВМС, в основном приписанных к авиабазе Уидби-Айленд. Регулярно данные эскадрильи прикомандировываются к корабельным авиакрыльям авианосцев Атлантического и Тихоокеанского флотов ВМС США. Морская пехота использует Prowler менее активно - в ее распоряжении лишь четыре эскадрильи, приписанные к авиабазе Черри-Пойнт. К июлю 1991 года, когда выпуск серийных машин для ВМС США был прекращен, заказчик получил 170 самолетов.

Самолеты Prowler постоянно модернизируются, чтобы иметь способность бороться с самыми современными радиоэлектронными средствами противника. Так, самолеты варианта ICAP-II прошли модернизацию в рамках подпрограммы ADVCAP (Advanced Capability, также известна как Block 91). При этом самолеты модернизировались по двум вариантам. Базовый вариант предусматривал установку новых блоков постановщика помех и станции пассивного обнаружения, а также модифицированного автомата отстрела дипольных отражателей AN/ALE-39. В рамках модернизации по второму варианту осуществлялась доработка и оснащение самолетов новой авионикой - программа так и называлась Avionics Improvement Program. Самолеты, получившие обозначение ADVCAP/Block91 ЕА-6В, оснащались новыми дисплеями отображения информации, усовершенствованной аппаратурой радиолокационного комплекса, модернизированной системой поставки помех, а также станции постановки помех системам связи AN/ALQ-149 и цифровым автопилотом.

Кроме того, была проведена работа и по модернизации планера самолета в рамках программы Vehicle Enhancement Program (VEP). Прототип модернизированного по данной программе самолета совершил первый полет 15 июня 1992 года, он отличался более мощной силовой установкой и двумя дополнительными пилонами под противорадиолокационные УР типа HARM. Дальнейшее совершенствование самолета было приостановлено ввиду стремительного роста закупочной стоимости машины.

Самолеты ЕА-6В модификаций ICAP-II Block 86,89 и 89А отличались новыми приборным оборудованием кабины, средствами связи и дополнительными антеннами. В целях сохранения возможности эксплуатации самолетов Prowler в быстро меняющихся условиях нового тысячелетия американское командование приняло решение провести очередную модернизацию самолетов - программа получила обозначение ICAP-III и подразумевала дальнейшее совершенствование бортового комплекса РЭБ для придания ему возможности бороться с новейшими образцами зенитного ракетного вооружения.

После неоднозначных решений снять с вооружения самолеты F-4G (1994 год) и EF-111 (1998 год), ЕА-6В остался основным самолетом РЭБ ВМС и КМП США. Самолеты хорошо зарекомендовали себя в ходе операций в Афганистане и Ираке и продемонстрировали способность блокировать сигналы с мобильных телефонов, использовавшихся боевиками для подрыва самодельных фугасов и бомб. В настоящее время на вооружение ВМС США принят уже самолет РЭБ нового поколения - EA-18G Growler, который постепенно заменит все Prowler.