Сбрасываемые стойки на концах крыла, названные персоналом ВВС США "пого", вызывали непрерывные затруднения, и в конце концов их отделение удалось сделать автоматическим. Были и другие "капризы" U-2. Так при приземлении на приспособленной для эксплуатации этих самолетов авиабазе не было возможности для взлета. Дело в том, что при опирании самолета на один из концевых участков крыла была большая вероятность увода самолета по дуге с летной полосы. Обычный тренировочный полет продолжался около 9 часов по маршруту на высоте более 27000 метров при скорости порядка 700 км/ч. Пилот находился "в деле" 12-13 часов. Сюда входил предполетный инструктаж и составление послеполетного отчета, одевание и снятие высотного костюма. Перед вылетом летчик довольно длительное время производил "прокачку" - дышал чистым кислородом, после приземления - имел 24 часа увольнения для полноценного отдыха. Следующие 24 часа выполнял наземные обязанности и к полетам не допускался, так как было необходимо время не менее двух суток для стабилизации нормального уровня азота в организме.

В 1991 году 17-е разведывательное крыло, имевшее на вооружении кроме того и самолет SR-71 "Блэк берд", расформировали, а его четыре самолета TR-1A возвратили в США. А 95-я эскадрилья из двенадцати TR-1A/U-2R была сохранена. Ее перевели в 1992 году в рамках новой структуры 2-й воздушной армии стратегического воздушного командования на авиабазу в состав 9-го авиакрыла. Туда же вошла и 99-я стратегическая разведывательная эскадрилья (SRS), состоящая из 9 самолетов TR-1A и U-2R, которые все теперь назывались официально "U-2R". Сюда же перевели и 5-ю SRTS (стратегическая разведывательная учебная эскадрилья), состоящую из двух TR-1A, двух U-2R и одного Т-38 "Тэлон" - самолета для учебных полетов с инструктором. Плюс к этому оперативно в крыло вошли 5-я SRS с самолетами U-2R на авиабазе Осану в Южной Корее и 6-я SRS на авиабазе Акротири на Кипре. В крыло включили также заправочные 349-ю и 350-ю эскадрильи, каждая из 20 машин типа KC-135Q. С точки зрения технических концепций (не беря в расчет идеологические воззрения) самолет-разведчик U-2 оставил заметный след в истории мировой авиации. Оригинальность его конструкции и высокие технические возможности бесспорны. В середине 1961 года новый двухместный модифицированный U-2R был показан на авиабазе Райт-Паттерсон во время "Дня вооруженных сил", где впервые были приведены его основные технические данные.

С декабря 1992 года ВВС США отказались от использования названия TR-1A и все самолеты в частях обозначили как U-2R. Кроме того, к этому времени полностью изменился и круг задач, решаемых обоими типами.