Эрнесто родился в Турине (Италия) 8 ноября 1907 года. Поступил в академию в 1929 году. Получил пилотскую лицензию в 1932 году. Был направлен в 1933 году в 1o Stormo C.T., а через три года перешел в 53o  Stormo C.T.

В апреле 1937 года добровольцем отправился на Пиренеи. Свой первый республиканский самолет (И-16) сбил 6 августа 1937 года. Самый драматичный бой произошел 12 октября, когда он на своем "фиате" участвовал в большом сражении с И-15 и И-16-ми, прикрывавшими СБ. Ботто сбил один "чато", но и сам был ранен, но смог совершить вынужденную посадку. Всего в бою было сбито пять итальянских истребителей. Раны его были очень серьезными и врачи ампутировали одну ногу. За этот бой Ботто получил Medaglia d'Oro al Valor Militare (высшую военную награду Италии).

Однако несмотря на потерю ноги продолжал летать, за что получил прозвище "Железная Нога". Это он отобразил и на эмблеме, принятой впоследствие в 3a Squadriglia IIo Gruppo Caccia.

Вернулся из Испании в мае 1938 года с 4 победами (некоторые источники доводят их число до 7).

По возвращении был назначен командовать 73a Squadriglia 4o Stormo C.T. 
В начале июля 1940 года отправился на Сицилию, откуда стал совершать вылеты на Мальту. Он же сбил и первый вражеский самолет над Мальтой. Это случилось утром 3 июля 1940 года. Тогда Ботто отправился во главе девятки CR.42 прикрывать пару S.79, вылетевших с разведывательной миссией.

Джонн Уотерс на одном из новеньких "харрикейнов" атаковал разведчиков. Огонь восьми пулеметов британца был точен и один бомбер скоро упал в море. Экипаж смог парашютироваться, но до сих пор числиться пропавшим без вести. Это был первый итальянский самолет сбитый над Мальтой. Но Уотерс тоже не ушел далеко - его самолет был поврежден в схватке с Фиатами и разбился при посадке. Эта победа пошла на счет Ботто (правда, заявил он ее как "спитафйр"). Однако уже 12 июля подразделение перебрасывается в Ливию.

12 октября Ботто сбивает один "бленхейм" из состава 55-й эскадрильи.

В декабре 1940 года Эрнесто попадает в автомобильную аварию и его переводят на штабную работу, а потом и в летную школу.

После капитуляции Италии в сентябре 1943 года вступил в ВВС A.N.R. (Aeronautiva Nazionale Repubblicana) под руководством Муссолини. Уволился в марте 1944 года.
Войну закончил с 7 победами.

Эрнесто Ботто умер 11 декабря 1984 года.

 

CR.32bis капитана Эрнесто Ботто, Сарагосса, октябрь 1937 г.