Родился 23 сентября 1922 года. Вступил в новозеландские ВВС в июне 1941. Летную подготовку получил на родине и только потом отправился в Великобританию. В середине декабря 1941 года вступил в RAF. После курсов переобучения на "харрикейн" 7 июня 1942 года был зачислен в 485-ю (новозеланскую) эскадрилью.

Но уже в следующем месяце записался добровольцев на Мальту. Отправился в составе конвоя на борту авианосца "Фьюриос". В начале августа находится на Мальте в составе 185-й аэ, вооруженной "спитфайрами".

Из-за болезни Холтон не вылетал на боевые вылеты до конца октября. В этот период самолеты эскадрильи стали привлекаться для штурмовых налетов. Так 28 ноября 1942 года Холтон и тройка его товарищей нанесла удар по аэродрому гела на Сицилии. Возвращаясь с налета новозеландцы обнаружили над морем восемь Ю-52, которые направлялись в сторону Северной Африки. Естественно, что истребители не упустили возможности попрактиковаться в стрельбе: так, Холтон претендует на три сбитых "юнкерса" (из которых один правда дотянул до своего аэродрома). 

В декабре 1942 года Холтон возвращается на острова. Тут его направляют в состав формирующихся в Шотландии подразделений поиска и спасения. Однако по его просьбе командование возвращает его в боевую эскадрилью (на этот раз 602-ю) в январе 1943 года.

Правда, через три недели он возвращается в "родную" 485-ю, в составе которой участвует в сопровождении налетов союзных бомбардировщиков. в июле 1943 года подразделение перевооружается с "пятерок" на "девятки".

27 августа во время сопровождения группы "летающих крепостей" Холтон сбивает ФВ-190, а 16 сентября его боевой счет пополняет еще один такой истребитель.

В конце года эскадрилья выводится на отдых в Шотландию и возвращается к боевой работе только в феврале 1944 года. В марте 485-ю передают в состав 2-й Воздушной Армии, предназначенной для поддержки высадки союзников в Европе. "Спитфайры" модернизируются для несения 500-фунтовых бомб под фюзеляжем и за шесть недель до дня "Д" Холтон выполняет 11 вылетов на атаку различных целей на атлантическом побережье Франции. В одном из таких вылетов у него не сбросилась бомба и только ценой невероятных усилий Джонну удалось избавиться от смертоносного груза и сохранить боевой самолет.

6 июня 1943 года Холтон выполнил несколько патрульных вылета, в которых он сбил Ю-88 и повредил еще один подобный бомбардировщик. Сбитый им самолет по всей видимости первый немецкий самолет, сбитый во время высадки. В этих вылетах он летал на "спитфайре" Mk.IXB M"40, который летает в Великобритании до сих пор! 8 июня он сбивает Ме-109, который упал в лес, а через четыре дня - еще один такой истребитель.

В июле новозеландца отзывают с фронта в тыл, где он читает несколько лекций на самолетростроительных заводах. Попутно его награждают DFC. В свое родное подразделение он возвращается только в августе 1944 года, в тот момент 485-я базируется недалеко от Кана (Франция).

В марте 1945 года Холтон вступает в 274-ю аэ, где летает на "темпесте". Именно на этом истребителе 3 мая в 40 милях от Киля он сбивает До 217. Это была его последняя победа в войне.

Джонни Холтон умер в Оклэнде (Новая Зеландия) 16 апреля 1996 года