Родился в 1911 году в Ижевске.

Войну начал в 1941 году, был комиссаром 247-го истребительного авиаполка, а к 1944 году  командовал 152-м гвардейским истребительным полком. По собственным словам лично сбил 26 самолетов противника, еще 3 в группе. Удостоен звания Герой Советского Союза.

В июне 1944 года был сбит. Вот как он сам вспоминал: "До победы оставалось всего ничего, шел июнь 44-го года. Погода в тот июньский день была пасмурная, высота облачности 600—800 метров, видимость около двух километров. Вылетели мы на разведку шестеркой истребителей в район города Яссы, на территорию Румынии. Только отразили атаку четырех “мессеров”, как из-за облаков на нас восемь “фоккеров” выскочило... Подбили машину фрицев и сами попали под ураганный огонь зениток. Один из снарядов угодил под мотор моего самолета. Машина загорелась...В горящем самолете, получив два осколочных ранения в левый пах и правую ногу, я пытался дотянуть до расположения наших войск... Искал какой-нибудь военный объект — хотел спикировать на него горящий самолет, но ничего подходящего на земле не заметил. Когда на мне загорелась одежда и начало обжигать тело, на высоте 500—600 метров я выпрыгнул с парашютом. Как приземлился — помню смутно”.

На мгновение он отчетливо увидел румынских солдат, еще пытался сопротивляться, когда чьи-то руки в копоти срывали с него награды, стягивали с запястья часы, и потерял сознание. Так позже рассказывал другу Меркушев. Затем два месяца в госпитале военнопленных в румынском городе Бакэу, где Меркушеву лечили ожоги на ногах и лице, раны на ноге и в паху.

В кармане гимнастерки немцы нашли у Василия Меркушева партбилет, удостоверение личности, где было указано, что его обладатель является командиром 152-го гвардейского истребительного авиаполка. Тут же лежало удостоверение о присвоении звания Героя Советского Союза, удостоверение о награждении орденом Ленина и орденом Красного Знамени и блокнот с записями, которые характеризовали боевую работу полка.

“Записной книжкой я пользовался постоянно, в ней были записаны позывные всех радиостанций на участке фронта. У наших летчиков вошло в привычку — ничего не оставлять перед вылетом. Личный состав с презрением относился к тем офицерам, которые перед вылетом на боевое задание снимали ордена, выкладывали документы. Таких офицеров считали трусами”.

 Спустя полтора месяца Меркушева вызвали на допрос. Задумав бежать, оттягивая время, он подтвердил сведения, отмеченные у него в записной книжке. Но подписывать свои показания летчик отказался, за что и был отправлен в гестапо.

"Три недели я провел в одиночной камере, — изложено дальше в протоколе допроса. — Допрашивали меня — пять раз. Обвинив в подготовке побега, фрицы избили меня прикладами винтовок и сапогами. В сутки я получал 2 стакана воды и 200 г хлеба и стал настолько истощен, что не мог самостоятельно передвигаться. В этом состоянии я подписал все свои ранее данные показания”.
Русского летчика сочли благонадежным и отправили в Германию, в лагерь города Бухау.

“В январе 1945 года меня перевели в лагерь военнопленных города Вайдан. 22 апреля нас освободили из лагеря американские войска”.
"После освобождения я прорывался к линии фронта в группе летчиков, — вспоминал Василий Меркушев. — Все они когда-то попали в плен, как и я, в бессознательном состоянии после катапультирования. Ползли мы к своим под минометным огнем. На привалах, прячась с подполковником Константином Пильщиковым под вывороченными с корнями соснами, мы мечтали, как попадем в родную часть... Спустя две недели в районе города Хемниц мы вышли на нашу кавалерийскую часть. Радости было не передать словами...
Родину бывшие военнопленные увидели, как и Германию, через колючую проволоку.

С 31 мая до ноября 1945 года был в 32 запасном стрелковом полку на станции Алкино Куйбышевской железной дороги”. И приписка, многое проясняющая: “Проходил государственную проверку”.

Осенью победного 45-го года подполковник Василий Меркушев прошел проверку и был направлен для прохождения дальнейшей службы во 2-ю воздушную армию в Австрию, в район города Вены. Служил Василий Афанасьевич в истребительной авиации старшим инспектором по технике пилотирования.

В июне 47-го года он получил назначение в Хабаровск. А еще через полтора года из Америки были переправлены трофейные документы немецких разведывательных органов.
Среди прочих бумаг был обнаружен протокол допроса Василия Меркушева за номером 322 от 26 июля 44-го года, из которого следовало, что он подробно рассказал немцам о прохождении своей службы в Советской армии, о боевом пути своего полка, о наличии и месте дислокации двадцати восьми истребительных и штурмовых авиаполков. Назвал известный ему командный и офицерский состав перечисленных авиачастей и авиасоединений, дал оценку боевым качествам самолетов истребителей “Як-1”, “Як-3”, “Як-9”.
Немецкие разведорганы дали следующую оценку летчику: “Военнопленный Меркушев является интеллигентным и хорошо образованным человеком. Поведение корректное военное, строгое и скромное. Нужно принять во внимание, что он благодаря своему военному обучению может дать важные показания за рамками этого допроса...”

Ордер на арест подполковнику Василию Меркушеву предъявили прямо за праздничным столом. В гарнизонном клубе трофейный аккордеон едва заглушал завывавшую за окном метель. Военный городок под Хабаровском праздновал главный праздник года — День Советской армии и Военно-воздушных сил. Шел 1949 год. И вдруг захмелевшие летчики увидели, как люди в форме куда-то уводят заместителя командира авиадивизии.

В постановлении на арест Василия Меркушева было написано: “Выдал важные сведения государственной военной тайны”.

Отсидел в Усольском исправительно-трудовом лагере 5 лет 4 месяца и 8 дней.

Освободили из-под стражи Василия Меркушева по амнистии 1 июня 1954 года. Восьмое управление Генштаба Министерства обороны СССР посчитало, что “сведения, полученные немцами от Меркушева, не представляли никакой ценности...”.

Он умер на родине, в Ижевске, в 1974 году.

В 2002 году в рамках Закона РФ “О реабилитации жертв политических репрессий” Главная военная прокуратура РФ приняла решение о полной реабилитации Меркушева.