История ВВС Аргентины началась 10 августа 1912 года с основания авиационный школы Escuela de Aviación Militar. В 1927 году была создана Авиационная Генеральная Дирекция (Dirección General de Aeronáutica), которая должна была координировать усилия по созданию военной авиации. В том же году был основан и первый авиационный завод -  Fábrica Militar de Aviones. Только 4 января 1945 года ВВС стали самостоятельным видом вооруженных сил.

После окончания Второй Мировой войны началась модернизация ВВС - на вооружение стали поступать реактивные истребители Gloster Meteor (впервые в Южной Америке), а закупленные Avro Lincoln и Avro Lancaster составили основу стратегической авиации. В сотрудничестве с бежавшими германскими инженерами началась разработка собственных самолетов таких как  Pulqui I и Pulqui II. Таким образом, Аргентина стала первой страной в Латинской Америке и шестой в мире, которая смогла освоить собственную разработку и выпуск реактивных самолетов.

В 1952 году ВВС освоили полеты на снабжение научных баз в Антарктиде, причем 25 сентября 1969 года была основана даже авиабаза Marambio. В 70-е годы на вооружение продолжали поступать довольно современные самолеты: Mirage III, IAI Dagger, A-4 Skyhawk, C-130 Hercules. Кроме того, массово производились легкие штурмовики собственной конструкции  - Pucará.

В ходе войны на Фоклендах (в Аргентине она более известна как Guerra de las Malvinas / Guerra del Atlántico Sur) потери ВВС составили 60 самолетов. После окончания конфликта из-за финансовых проблем потерянные самолеты заменить было фактически нечем.

90-е годы прошли под знаком британского эмбарго на поставку новой авиатехники - так, из-за него сорвались контракты на поставку IAI Kfir и F-16A. Вместо этого американцы поставили только 36 капитально отремонтированных A-4M Skyhawk (более известны как A-4AR Fightinghawk).

Аргентина активно участвует в операциях ООН по всему миру. В частности Boeing 707 участвовал в войне в Заливе 1991 года, с 1994 года аргентинские вертолеты и самолеты поддерживают контингент ООН на Кипре (UNFICYP). В рамках мандата MINUSTAH с 2005 года несколько аргентинских Bell 212 базируются на Гаити.

Основной задачей ВВС Аргентины на сегодняшний день является создание цельного поля РЛС по всей стране, замена морально и физически устаревших самолетов Mirage III, Mirage V и внедрение новых технологий.

С начала ХХ1 века военные установили достаточно тесные связи с ВВС Бразилии и Чили, в рамках совместных маневров используются авиабазы Cruzex в Бразилии,  Ceibo в Аргентине и Salitre  в Чили.

В 2007 году часть FMA IA 58 Pucará была модернизирована для использования биотоплива. Таким образом, Аргентина стала второй страной в мире, которая использует такой вид топлива в авиации.