15 июня 1940 г. части Красной Армии перешли границу Литвы. В августе того же года самостоятельная Литовская республика перестала существовать. Литовские ВВС расформировали. Большую часть военных самолетов сочли непригодными для дальнейшего использования из-за устарелости и отсутствия взаимозаменяемости с техникой ВВС РККА. Лишь 13 самолетов (в основном литовского производства) вошли в разведывательную эскадрилью, приданную 29- му территориальному стрелковому корпусу Красной Армии, сформированному на базе частей бывших литовских вооруженных сил. В эскадрилье, которой командовал майор Ю. Ковас, служило около 50 летчиков. Среди самолетов были 9 АNВО-41 из 4-и шяуляйской эскадрильи, три АНВО-51 из авиашколы и один "Гладиатор" из 5-й истребительной. Остальные машины были законсервированы, сданы на слом или использованы в качестве мишеней. Бывшего командующего ВВС Густайтиса объявили немецким шпионом и расстреляли в октябре 1941 г, Аэроклубовские самолеты и планеры свезли в Аукштагерис под Вильнюсом. Там в 1941 г, большую часть их захватили немцы.

Разведэскадрилья 29-го корпуса была полностью уничтожена в первые дни войны. 23 июня 1941 г. эскадрилья из Укмерге перелетела в Пабраде. Там самолеты подверглись налету немецких бомбардировщиков, и было повреждено 2 самолета АМВО-41. Три АNВО-51 и три АNВО-41 полетели в Сесикай недалеко от Укмерге. Экипажи попали в плен, а машины несколько лет ржавели, и их постепенно разобрали местные жители. Три АNВО-41 продолжили путь в сторону Гомеля. Два из них сбил в неразберихе советский расчет ПВО (в одном самолете летел Ковас). а один вернулся обратно в Пабраде. Летчики, которые не попали в плен, разошлись по домам, другие даже не успели попасть в свою часть после начала войны. После войны практически все летчики отсидели по 6-10 лет в сталинских лагерях.

Остальные бывшие литовские самолеты тоже были уничтожены или захвачены немцами. Например, почти все "Гладиаторы" сгорели на летном поле в Шяуляе вместе с советскими самолетами.

Так печально окончила свое существование литовская авиация...

 После распада СССР в 1991 году независимая Литва заново начала отстраивать свою авиацию. Так как все советские вооруженные силы были выведены с территории республики согласно мирным договоренностям, то в отличии от многих других республик формирование военной авиации шло за счет закупок самолетов за рубежом.

Для прибалтийцев "золотым дном" стало объединение Германии, кода стали распродаваться боевые самолеты ВВС ГДР. Для бывших советских стран они подходили идеально: так как были советского производства или производства бывших социалистических стран.

Основу ВВС на современном этапе составляют несколько (до четырех единиц) учебно-боевых самолетов Л-39 "Альбатрос" чехословацкого производства. Остальная техника является ограниченно годной для применения в боевых целях. Кроме Л- 39 в составе ВВС замечены транспортные Ан-24 и вертолеты Ми-8.

Существует и авиационный отдел полиции, на вооружении которого состоит несколько вертолетов различных типов (прежде всего Ка-26).

Вопрос об обновлении авиационного парка на повестке дня не состоит и дальнейшее развитие может идти только по пути модернизации или закупки новых вертолетов.

Боевой состав ВВС Литвы на 2006 год