Нападение Германии на СССР привлекло главные силы немецких войск на Восточный фронт, но их значительные силы, в том числе и подразделения пикировщиков, оставались в Северной Африке достаточно долго. 

9 декабря 1940 г. англичане начали наступление на итальянцев (операция "Компас"). К концу января 1941 г., преодолев более 800 км, англичане заняли Бардию, Тобрук и Бенгази, и остановились у Эль-Агейла на берегу залива Сидра. Верховное немецкое командование решило помочь союзнику, и при этом пришло к выводу, что Ju-87 как нельзя более подходят для того типа мобильных военных действий, которые предполагалось вести на этом ТВ Д.

Еще в начале февраля I./SIG2 и II./ StG2 стали перебрасывать на аэродром Вир Дуфан в Ливии. Передислокация закончилась 13 февраля, на следующий день над Эль-Агейла зенитчики сбили первый Ju-87R. 18 февраля, когда 12 "штук" штурмовали позиции англичан в районе Мерса Брега, "Харрикейны" из 3-й эскадрильи RAF сбили и повредили 8 пикировщиков. В ответ пилоты I./SIG2 22 февраля тяжело повредили монитор "Террор" водоизмещением 7200 т, спустя два дня затонувший. Еще через день в районе Тобрука был потоплен эсминец "Дэйнти".

Эксплуатация Ju-87 в Африке принесла немецким техникам много проблем. Жара, пыль, песок потребовали создания особых фильтров и смазки, пришлось даже перенимать итальянский опыт и учиться по утрам правильно накачивать "пневматики", чтобы к обеду они не взрывались от перегрева.
Немецкое наступление Африканского корпуса генерала Э.Роммеля началось 31 марта, к 25 апреля англичан выбили из Ливии, за исключением Тобрука. "Штуки" начали регулярные налеты на осажденный гарнизон и корабли в гавани. Маршрут из Александрии в Тобрук английские моряки прозвали "бомбовой аллеей". 12 мая в гавани Тобрука пилоты II./StG2 тяжело повредили канонерку "Лэдиберд", затонувшую на мелководье.

Первый крупный воздушный бой над Тобруком состоялся 23 апреля. Истребители прикрытия надежно защитили пикировщиков, сбив семь "Харрикейнов" из 73-й эскадрильи RAF.

В апреле I./StG1 перебросили в Болгарию для поддержки наступления в Греции (в Ливии их заменили III./ StGl), в середине июня группу вернули в Северную Африку. Здесь "штуки" сыграли решающую роль в подавлении сопротивление французов у Бир Хакима летом 1941 г. 24 июня пилоты
II./StG2 севернее Тобрука потопили английский сторожевик "Окленд" и повредили крейсер "Аврора".
В ходе боев ВВС Италии пополнились новыми Ju-87B-2. Итальянские летчики использовали их достаточно умело и эффективно, но 14 сентября 1941 г. произошел памятный инцидент, когда итальянцы потеряли сразу несколько "штук". У самолетов, приписанных к 209-й эскадрилье, во время боевого вылета кончилось горючее. Совершив вынужденную посадку в пустыне, они попали в расположение противника, где четыре пикировщика захватили союзные войска. Попав в разные эскадрильи, Ju-87 получили регистрационные номера английских ВВС.

18 ноября 1941 г. англичане начали наступление в Северной Африке (операция "Крусейдер"). В воздухе господствовала авиация союзников, а полевые аэродромы немцев из-за дождей больше напоминали болота. Воспользовавшись этим, англичане 20 ноября уничтожили и повредили в Тмими 18 Ju-87 из II./SIG2. Усиление истребительной мощи союзников постепенно ослабляло боевые возможности "штук". Так, 30 ноября немецкие пикировщики, несмотря на достаточно сильное истребительное прикрытие, не смогли пробиться к цели и сбросили бомбы в буквальном смысле "в песок". Три машины были повреждены, два стрелка ранены.

13 января группу II./SIG2 официально переименовали в III./StGS, командиром остался В.Эннекерус. Группу дооснастили новыми Ju-87D и в феврале перебросили на Сицилию на аэродром Сан-Пьетро. В то время на Средиземноморье перебрасывали 2-й воздушный флот с целью вытеснить союзные войска из Северной Африки и нейтрализовать Мальту. Под командованием фельдмаршала Кессельрин-га была эскадра StG3 в полном составе трех групп и еще одна группа из StG1.

Налеты на Мальту начались 1 апреля 1942 г., когда "штуки" из III./StG3 атаковали корабли в главной гавани Ла-Валетты. В ходе налета потопили две подводные лодки и тральщик, повреждения получили еще одна подводная лодка, тральщик, танкер и три буксира. Через четыре дня в доках главной гавани Ла-Валетты Ju-87 уничтожили эсминцы "Ланс" и "Гэллант". 8 и 11 апреля в налетах на порт и аэродромы Хал Фар и Лука летчики легко повредили крейсер Пенелопа" и "добили" эсминец "Кингстон", уничтожили один и повредили семь самолетов. Свои потери - две "штуки".

27 мая 1942 г. началось наступление войск Роммеля в Северной Африке. Несмотря на вдвое меньшее число танков по сравнению с англичанами, немецкие войска стремительно наступали и в начале июля вышли к Эль-Аламейну и дельте Нила в 100 км западнее Александрии. Ju-87 из StG3 атаковали позиции английской пехоты, танки и артиллерию. Пока им противодействовали только зенитчики, пикировщики успешно действовали в Северной Африке. Грамотная организация истребительного прикрытия позиций привела к тому, что англичане стали называть Ju-87 "психологическим инструментом воздействия, способным только к локальному и изолированному разрушению, неэффективному против стойких войск и очень уязвимым для наших истребителей".34 Наивысшим успехом "штук" стали бомбардировки Тобрука и содействие захвату Бир Хакима у армии "Свободной Франции". В июне 1942 г. пал Тобрук, немцы рвались к Суэцкому каналу. К этому времени всю StG3 с Ju-87В-2/Тгор перевооружили на Ju-87D-1/Тгор.
Англичане, поняв всю опасность потери своих позиций в Египте, начали срочно перебрасывать туда истребительные соединения. Вскоре дневные потери "штук" стали исчисляться десятками, так, 3 июля на базу вернулись только 2 из 15 самолетов I/SIG3. 5 июля на аэродроме Даба среди прочих были уничтожены девять Ju-87.

Но если над сушей "штуки" все больше утрачивали свою грозную мощь, то над морем они по-прежнему оставались ударной силой. 14-15 июня 1942 г. пилоты StG3 атаковали конвои на маршруте Александрия - Мальта. Отличился командир 9./SIG3 обер-лейтенант Х.Пельтц, потопив на траверзе острова Гавдос 10000-тонный транспорт. Наутро "штуки" повредили так называемый "ложный" линкор "Центурион", крейсер "Аретуза", эсминцы "Эйредейл" и "Нестор". Оба последних пришлось затопить, эвакуировав команды.

В начале августа 1942 г. на Средиземноморье англичане начали операцию "Пьедестал" - проведение конвоев из Гибралтара на Мальту. Первый из них состоял из 13 скоростных транспортов в окружении четырех крейсеров и 11 эсминцев, а боевое прикрытие осуществляло соединение кораблей, включавшее два линкора, три авианосца, семь крейсеров и 26 эсминцев. Как только конвой оказался в пределах досягаемости "штук", начались непрерывные налеты. Вечером 12 августа 12 Ju-87 из I./SIG3 атаковали авианосец "Индомитабл", точно "уложив" две бомбы на полетную палубу и три в непосредственной близости от борта. Как авианосец корабль вышел из строя. Зенитчики сбили лишь два немецких и два итальянских пикировщика, один из последних совершил огненный таран в корму линкора "Родней". На следующий день 15 Ju-87D тяжело повредили транспорт "Дорсет", и еще один итальянец вынужденно стал камикадзе, таранив поврежденный танкер "Огайо". 14 августа бомбардировщики атаковали крейсер "Кения". За одно точное попадание пришлось заплатить одной сбитой и двумя поврежденными "штуками". В конце-концов, на Мальту прибыло только пять транспортов, доставивших 32 тыс. т военных грузов из 85 тыс. т отправленных. Тем не менее это снаряжение сыграло существенную роль в победе англичан под Эль-Аламейном.

14 сентября английские корабли предприняли рейд на Тобрук, но неудачно. Ju-87D из 8./SIG3 серьезно повредили крейсер ПВО "Ковентри", в конце концов затопленный экипажем. В следующем налете 19 "штук" из III./ StG3 потопили эсминец "Зулу" и торпедный катер.

24 сентября 8-я английская армия генерала Б.Монтгомери начала наступление. С воздуха их поддерживали 920 боевых самолетов. Немцы могли им противопоставить менее 600 самолетов, в том числе 72 Ju-87, большинство с итальянскими экипажами. К тому же началась острая нехватка топлива и запчастей. Как результат, господство в воздухе перешло к союзникам. Начались серьезные потери: 25 сентября были сбиты и повреждены несколько "Дор" из II./StG3, 7 ноября "Спитфай-ры" сбили две "штуки", 11 ноября в воздушном бою с 15 Ju-87D из I./StGS "Киттихоки" 2-й эскадрильи RAF сбили четыре.
8 ноября 1942 г. союзники высадились в Марокко и Алжире (операция "Факел"). Немцы и итальянцы оказались зажатыми в клещи. В Тунис стали срочно перебрасывать немецкие части. 9 ноября на столичный аэродром Эль-Аоуина прибыли 24 Ju-87D из II./ StG3. Пилоты сразу же стали нести большие потери, за две недели погибли два командира 6./SIG3. 26 ноября прорвавшиеся к аэродрому Джидейда американские танки уничтожили на земле 15 находившихся в ремонте Ju-87D. Хотя эти потери быстро восполняли (уже в декабре на аэродром Га-бес перелетела III./StG3), но "штукам" в боях приходилось все труднее. В отличие от истребителей-бомбардировщиков Bf-109 и FW-190, способных на равных вести воздушные бои после сброса бомб, у "штук" такой возможности не было. Единственным их значительным успехом в Тунисе стал первый день 1943 г., когда в гавани Боне пилоты II./SIG3 повредили крейсер "Аякс".

Весной 1943 г. StG3 действовала в Тунисе и несла серьезные потери. Так, 3 апреля "Доры" из III./StG3 были атакованы "Спитфайрами" в районе Эль-Гуэттара. Несмотря на истребительное прикрытие, шесть "штук" были потеряны (позже союзники утверждали, что сбили 13 Ju-87). Спустя четыре дня 15 "Дорам" из II./StG3 не помогла и сильная облачность, в которой они поспешили скрыться, встретив дюжину "Спитфайров". Четыре "штуки" были потеряны (союзники утверждали, что сбили десять). В результате 8-10 апреля из-за нехватки топлива Ju-87 летали маленькими группами по 2-3 самолета с истребительным прикрытием только на взлете, 11 апреля вообще ни разу не поднимались в воздух.

12 апреля все еще сохранившиеся в летном состоянии "штуки" отправили из Африки на Сицилию. Перелетали на бреющем полете малыми группами и поодиночке, чтобы уберечься от патрулирующих истребителей. Некоторые Ju-87 буксировали десантные планеры. 15 апреля американские "Лайтнинги" сбили два Ju-87 с планерами на буксире. Вероятно, последней потерянной в Северной Африке "штукой" стал J-87 из II./SIG3 с планером DFS230. 19 апреля его перехватили три эскадрильи южноафриканских "Киттихоков" и сбили в районе мыса Эт-Тиб.

Осенью 1943 г. после капитуляции итальянских союзников немцы начали наступление в Восточном Средиземноморье. "Штуки", дислоцировавшиеся в Греции, на Крите и Родосе, атаковали итальянские гарнизоны на островах Кефалиния и Корфу. 21 апреля в налете на Кефалинию погиб командир 6./ StG3 гауптман Г.Штри. Утверждали, что в момент сброса его бомба по неизвестной причине взорвалась.
Капитуляцией Италии воспользовались англичане, захватившие острова Кос, Самос и Лерос из архипелага До-деканос. Активными бомбардировками Ju-87 из StG3 способствовали захвату Коса за 24 часа. Налеты на время "распоясавшихся" "штук" также предшествовали высадке немецких десантников, захвативших мосты над Коринфским проливом. 9 апреля во время атаки крейсера ПВО "Карлисл" и четырех эсминцев в проливе Карпатос 26 "Дор" из II./StG3 сначала четырьмя точными попаданиями серьезно повредили крейсер, но в 12.15 сами попали под удар девятки "Лайтнингов". Несмотря на поспешное отступление, больше напоминавшее бегство, восемь "штук" были сбиты (по американским данным - 16).

Так как полеты американских истребителей были эпизодичными, "штуки" еще успели "разгуляться" при атаке английского гарнизона на острове Лерос, уничтожив все береговые батареи. 30 октября пилоты I./SIG3 в районе острова Родос повредили английский крейсер "Аврора" (третий крейсер, за месяц поврежденный пикировщиками). 12 ноября после высадки на Лерос десанта и капитуляции гарнизона все оставшиеся пикировщики перебросили на самый жаркий Европейский "курорт" - Восточный фронт.