Итальянские ВВС (Reggia Aeronautica) стали первыми из союзников Германии, куда с августа 1940 г. стали поступать пикировщики Ju-87В. Первыми на "штуки" перевооружились 236-я и 237-я эскадрильи из 96-й группы (96° Gruppo Bombardamento a Tuffo - 96-й полк пикирующих бомбардировщиков). В сентябре на аэродроме Комизо на Сицилии сформировали 97-ю группу в составе 238-й и 239-й эскадрилий.
15 сентября 1940 г. Ju-87 из 96-й группы совершили первый налет на Мальту. 

В ноябре итальянские "штуки" бомбили цели в Греции. В декабре - январе началась переброска групп немецких пикировщиков из 10-го авиакорпуса генерал-майора Г.Гайслера на Средиземноморский театр военных действий. На Сицилию прибыли штаб StG3, I./StGl и II./StG2, всего 54 Ju-87В и Ju-87R (по другим данным1 - 71 Ju-87R, из них 34 исправных). Позднее их усилили I./StG2 и I./StGS. Они базировались на аэродромах Комизо, Калабриа, Трапани, откуда вместе с итальянцами совершали регулярные налеты на Мальту и конвои, следовавшие из Александрии через Мальту в Гибралтар.

10 января 1941 г. первой большой удачей "штук" стал английский авианосец "Илластриес", в него попали шесть 250-кг бомб, еще три разорвались прямо у борта, нанеся ему серьезные повреждения. 11 января обгоревший авианосец стал на ремонт в гавани Ла-Валетты. Его палубные самолеты действовали с аэродромов Мальты, в последующие дни сбив четыре Ju-87. Во время двухнедельной стоянки "Илластриес" получил еще два прямых попадания от "штук", а три бомбы разорвались у борта. Однако четырех прямых попаданий 1000-кг бомб, которых, по мнению летчиков Хоццеля и Эннекеруса, было достаточно для его потопления, добиться не удалось. Кое-как подлатав повреждения, в ночь на 24 января авианосец еле "унес ноги" через Суэцкий канал в США для ремонта. Этим была восстановлена "подмоченная репутация" Ju-87.

Вместе с авианосцем 10 января получил прямое попадание крейсер "Перт" и был потоплен один из транспортов. На следующий день 12 Ju-87 из II./SIG2 атаковали английские крейсера "Саутгемптон" и "Глочестер". Последнему посчастливилось, так как попавшая в него 500-кг бомба не разорвалась, а "Саутгемптон", пораженный двумя "полутонками", загорелся и потерял управление. Команду с него сняли и один из эсминцев конвоя добил его торпедой.

19 января Ju-87 из II/SIG2 под командой майора В.Енецера повторили атаку на "Глочестер" и потопили его. С середины февраля "штуки" из 1.1 StG2 начали действовать с аэродромов в Триполи. В ходе боевых вылетов выяснилась интересная особенность в различиях тактики их применения итальянскими и немецкими пилотами. Воевавший в 1941 г. на Ju-87B-2 итальянец Э.Тарантола отмечал, что немецкие инструкторы учили их бомбить с отвесного пикирования, выпустив тормозные щитки и включив сирены. Заход на цель обычно выполняли на высоте 4000 м, сброс бомб на 700-800 м и вывод у самой воды. Корабли атаковали с передних и задних курсовых углов, при этом ведомые могли оперативно вводить поправки при прицеливании.

Итальянцы стали практиковать атаки, построившись в круг, центром круга являлось судно - объект атаки. Радиус круга позволял избегать зоны наиболее эффективного зенитного огня. После начала судном маневра летчики переходили в пикирование с бортовых курсовых углов, не выпуская тормозных щитков, угол пикирования составлял 70-80°. Скорость на пикировании быстро возрастала, и зенитчики не успевали правильно установить угол упреждения, кроме того, при атаках сбоку "выключались" зенитные автоматы противоположного борта.

Позднее итальянские летчики на "штуках" первыми стали применять топмачтовое бомбометание. Разная тактика боевого применения не мешала немцам и итальянцам действовать совместно, так, 29 июня 1941 г. десять немецких и семь итальянских Ju-87 потопили австралийский эсминец"Вотерен".

26 февраля 1941 г. 38 Ju-87R из П./ StGl и III./StGl "в компании" с 32 бомбардировщиками других типов совершили первый налет на Мальту. Целью был аэродром Лука. Бомбежкой аэродром вывели из строя на двое суток, на нем также уничтожили шесть "Веллингтонов" и семь повредили, еще шесть "Харрикейнов" сбили истребители прикрытия. Результат был достигнут ценой семи потерянных и нескольких поврежденных "штук", а командир III./StGl гауптман Малхке привез 185 пробоин, включая огромную дыру в правой плоскости. В других налетах на Мальту 5 и 23 марта зенитки и истребители сбили пять Ju-87 и еще один серьезно повредили.

К апрелю 1941 г. на Балканы из Франции перебросили 10-й авиакорпус генерала Рихтгофена. В его составе были штаб, I и IIl/StG2 и I/StG3. Всего Рихтгофен имел 414 Ju-87, из них на 5 апреля 352 были боеспособными. Позже к ним присоединились 127 Ju-87 из состава трех групп StG77. В это время Гитлер решил "помочь" итальянским союзникам решить их "проблемы" в Греции. Он планировал наступление на Балканы для того, чтобы обезопасить правый фланг своей армии перед нападением на Советский Союз. В этот план входило и вторжение в Грецию, но не напрямую, а через Югославию.

Вдоль болгаро-греческой границы простиралась так называемая "линия Метаксаса" - система укреплений на горных вершинах. Ключевым пунктом обороны был форт "Истибей", названный немцами "Горной крепостью". На него и обрушилась StG2 майора Ди-норта. Раскусить этот "орешек" до конца "штукам" так и не удалось, но "линию Метаксаса", как и ранее "линию Мажино", обошли через Югославию.

Несмотря на противодействие англичан, высадивших десант в 58 тысяч бойцов, включая бронетанковую бригаду, чтобы остановить продвижение передовых частей противника, немцы захватывали все новые районы. Летчики постоянно перебазировались, действуя с аэродромов в Ларисе, Мегаре и Аргосе. К 20 апреля в порту Пирея скопилось большое количество судов. За два дня "штуки" практически без противодействия потопили в Коринфском заливе 23 греческих и английских судна, превратив его в кладбище кораблей. Отличились летчики из I./StG2 во главе с Х.Хичхольдом, 21 апреля уничтожившие два танкера и один транспорт.

Ночью 24 апреля англичане начали операцию "Демон" - эвакуацию 62 тыс. высадившихся в Греции британских солдат на Крит. До 1 мая им удалось вывезти около 50 тыс. бойцов без военного снаряжения. И вновь "штукам" было где "разгуляться". 24 апреля они потопили три транспорта, на следующий день - 11636-тонный датский транспорт "Сламат". 27 апреля Ju-87 серьезно повредили три корабля. Кроме того, были уничтожены два госпитальных судна и яхта с 1000 ранеными и беженцами. По сравнению с Англией потери самолетов были относительно небольшими: за Грецию пришлось "заплатить" всего 29 "штуками". В то же время в апреле-мае 1941 г. у побережья Греции и в районе острова Крит пикировщики потопили крейсер, восемь эсминцев, большое количество транспортов. Повреждения получили авианосец, линкор, два крейсера и два эсминца.

Одновременно с наступлением в Греции начался захват Югославии. Ранним утром 6 апреля четыре Ju-87B из I./SIG2 "точечными" ударами уничтожили зенитные батареи, прикрывавшие аэродром Петровац. Сразу после этого Bf-ПОС из II./JG27, штурмуя аэродром, за 20 минут уничтожили 14 Do-17K (около половины 64-й югославской бомбардировочной группы). В 6.45 начался первый массовый налет на практически беззащитный Белград. 74 "штуки" из SIG77 вместе с 160 Не-111 под прикрытием 86 ВЫ09 и ВЫЮ очень быстро превратили небо над городом в серый зонтик из дыма и пыли. 34 югославских истребителя, из них 29 ВЫ09Е, ничего не могли противопоставить люфтваффе, хотя и сбили восемь самолетов, в том числе одну "штуку". Налеты на город продолжались весь день, сюда упало 360 т бомб, включая SC1000. Потери - четыре Ju-87. На следующий день "штуки" атаковали аэродром Лазаревац и железнодорожную станцию Приявора. В тот день у StG77 произошли небоевые потери: два Ju-87 столкнулись в воздухе над аэродромом в Араде, еще один скапотировал на посадке. Скорость продвижения немецких войск по Югославии впечатляла. Утром 12 апреля пикировщики уничтожили в районе Нови Сада речной монитор, обстреливавший аэродром в Мохаче, вечером немцы заняли Белград. "Штуки", взаимодействуя с танковыми частями, окружали и уничтожали хорошо укрепленные позиции. Летчики совершали не менее трех боевых вылетов в день. Пешие колонны бойцов югославской армии, растянувшиеся по узким дорогам горной страны, были совершенно беззащитны перед смертоносными Ju-87. 14 апреля дюжина "штук" проутюжила аэродром Биелина, куда высадился десант. 17 апреля Югославия капитулировала. SIG77 перебросили в Грецию, и после ее захвата началась десантная операция на Крите.

Операцию "Меркурий" (захват Крита и других островов Эгейского моря, куда эвакуировали английские войска из Греции) разработал генерал Штудент, командующий 1-м авиакорпусом, в состав которого входили воздушно-десантные части. Стратегическое значение Крита усугублялось тем обстоятельством, что с его аэродромов английские бомбардировщики могли атаковать нефтяные месторождения в районе Плоешти, чего накануне войны с СССР Германия допустить не могла. Захват острова осуществлялся только частями люфтваффе, поскольку высадка морского десанта была невозможной из-за дислоцированного в районе Балкан мощного флота Англии. С начала мая Крит стал подвергаться регулярным налетам Ju-87 из StG2, базировавшихся на полевых аэродромах около Молаоя, а 14 мая 10 Ju-87B из III./StG2 перелетели на итальянский остров Карпатос (Скарпанто) северо-западнее Крита. Это было идеальное место для атак английских конвоев. Во второй половине мае, действуя с него против английского флота, Ju-87 из StG2 потопили 3 крейсера и .6 эсминцев, повредили 2 линкора, 3 крейсера и 6 эсминцев. 23 мая группа Ju-87 капитана Х.Хичхольда из I./StG2 потопила три британских эсминца: "Грэй-хаунд", "Кашмир" и "Китли". Через два дня палубные самолеты авианосца "Формидабл" нанесли удар по Скарпанто и уничтожили на земле около десятка Ju-87, серьезно повредив еще несколько. В ответ на следующий день "штуки" из StG2 (в1 эту атаку почему-то приписали StG3 майора Зигеля) на пределе радиуса действия между Тобруком и Критом нанесли удар по авианосцу, добившись двух прямых попаданий и отправив его "в компанию" к "Илластриесу" на ремонт в США. Эта операция стоила немцам четырех "штук".

Бомбардировки позиций английских войск на Крите, особенно в местах с сильной противовоздушной обороной, начались за несколько дней до дня высадки воздушного десанта 20 мая. Налеты "штук" также предшествовали высадке немецких парашютистов в операции по захвату мостов над Коринфским проливом.

Планом операции "Меркурий" предполагалось выбросить на Крит около 10 тыс. парашютистов для захвата аэродромов. Восточная группа "Орион" должна была захватить аэродром в Ираклионе, центральная группа "Марс" - в Ханье и Ретимо, западная группа "Комета" - аэродром Малеме. Затем на них должны были приземлиться транспортные Ju-52 с 5 тыс. солдат, а еще 7 тысяч планировали доставить по морю. В ходе этой операции Ju-87 впервые наравне с транспортными Ju-52 выступили в качестве буксировщиков десантных планеров. Однако операция началась совсем не так, как писано "на бумаге". После первой атаки ранним утром 20 мая, в которой среди других самолетов участвовали "штуки" из StG2, выяснилось, что транспортники с десантом сильно запоздали. Успевшие прийти в себя после первого налета англичане встретили десант ураганным огнем. Но несмотря на огромные потери, десантники задачу выполнили: на следующий день аэродром Малеме был захвачен. Постепенно десант продвигался с севера в глубь острова. С воздуха их поддерживали "штуки", "нафаршированные" "спаржей Динорта". Здесь также проявилось превосходство Ju-87, чего им так не хватало в войне на Западе. 50-кг осколочная бомба, детонировавшая на высоте 30 см от земли, поражала солдат, находящихся на открытой местности и в плохих укрытиях. Непрекращающимися бомбежками Ju-87 англичан вытеснили с достаточно сильных оборонительных позиций, позволив легковооруженным немецким парашютистам выиграть сражение, несмотря на тяжелые потери (погибли 4200 солдат и 2200 ранено, потеряны 220 самолетов, из них в боях - 167 машин, в том числе 9 Ju-87). 31 мая остров Крит был полностью захвачен немецкими войсками, Балканская кампания победоносно завершилась.