Первым подразделением, получившим на вооружение Me-163, стала Эрпробунгскоммандо-16 (EKdo-16), сформированная в мае 1942 г. В командование Эрпробунгскоммандо-16 вступил оберлейтенант Вольфганг Шпаате, награжденный за 72 победы на Восточном фронте Рыцарским крестом с Дубовыми листьями. Шпаате не случайно назначили командиром подразделения ракетопланов, перед войной он прославился как летчик-планерист. Вообще пилотов Me-163 старались набирать из бывших планеристов.
Обучение в учебно-боевой эскадрилье Е.К.16 начиналось с планерной подготовки. Сначала выполнялось несколько полетов на планере "Хабихт". Причем эти планеры имели разный размах крыльев: 13,6 м, 8 м или 6 м. В зависимости от успехов, курсанта сажали на тот или иной аппарат, постепенно уменьшая площадь крыла и увеличивая посадочную скорость. Для "шестиметрового" планера она уже составляла 100 км/ч. Затем выполнялись 6 полетов на пустом Me 163A, имевшем посадочную скорость 150 км/ч. Следующее планирование выполнялось с высоты 1500 м на Me 163A, заправленном водой. После успешного освоения посадки приступали к ракетным полетам. Сначала выполняли два взлета на ракетной тяге, а потом один полет на половинной заправке. После этого летчик пересаживался на боевой Me 163B и выполнял на нем два полета с полной заправкой. После этих полетов пилот считался готовым к боевым полетам на перехват. Курсанты проходили тренировки в барокамере, кстати, похищенной в СССР. Перехваты и воздушные стрельбы планом не предусматривались. Такой короткий цикл подготовки объяснялся нехват ой топлива, тяжелым положением на фронтах и богатым боевым опытом курсантов. Сказывалось также отсутствие специальной учебной машины.

Первоначально предполагалось создать сеть аэродромов базирования Me 163В, прикрывающих Германию с запада и севера. Однако этим планам не суждено было сбыться: к августу - сентябрю 1944 года учебно-боевая (Е.К. 16) и две боевые эскадрильи (1/JG400 и 2/ JG400) были сосредоточены на аэродроме Брандис, возле Лейпцига. Объектом обороны для них были назначены заводы синтетического горючего в Лойна. Они находились на пределе радиуса действия "Комет", что создавало трудности в их применении. Перевести "Кометы" ближе к Лойну не удалось - для их базирования требовался хороший аэродром. Первые же боевые вылеты показали, что скорость (основное качество перехватчика) сыграла с ним злую шутку. Сближение с противником происходило столь стремительно, что пилоты просто не успевали прицелиться и открыть огонь. Всего с помощью Me 163B было сбито 9 бомбардировщиков противника, при потере 14 своих самолетов. Но потери от летных происшествий, не связанных с воздействием противника, оказались более внушительными.

Причины столь малой эффективности большинство авторов видят в плохой подготовке пилотов и в технических недостатках самолетов. Учиться стрелять из нового оружия во время боевого вылета - удовольствие небольшое, а сделать это во время учебы не позволял дефицит времени и недостаток топлива. Уменьшить скорость во время атаки можно было с помощью воздушных тормозов, которые не применялись из-за того, что на Me 163 отсутствовал источник энергии для их привода. Кроме того, после торможения могло не хватить топлива на набор скорости, необходимой для возвращения на аэродром. Радикально улучшить боевые качества самолета могло применение двухкамерного двигателя. Тогда полет на крейсерской камере должен был происходить на меньшей скорости, что улучшало условия для стрельбы. Но до конца войны самолеты с двухкамерными двигателями на вооружение не поступили.
Первый боевой вылет Шпаате (ставший майором) выполнил лишь 14 мая 1944 г., это был вообще первый боевой вылет "Кометы". По командам с земли Шпаате вышел в атаку на пару истребителей Р-47, летевших в районе испытательного центра Бад-Цвишенген. В самый ответственный момент на Me-163 заглох двигатель. Командиру EKdo-16 сильно повезло, что "Тандерболты" почему-то не расстреляли его ставший беззащитным Me-163 томатно-красного цвета. Шпаате сумел запустить ЖРД и благополучно вернуться на базу. Подобные вылеты на перехват одиночных разведчиков были выполнены 13, 20 и 31 мая, все без результата.

Весной 1944 г. из состава EKdo-16 был выделен первый боеготовый штаф-фель, который под обозначением 20./ JG-400 перебросили в Виттмундхавен; командиром штаффеля был назначен гауптман Роберт Олейник. По прибытии на место штаффель переименовали в I./JG-400. Первый боевой вылет на перехват разведывательного "Лайтнинга" унтерофицер Конрад Шибилер совершил 7 июля, неудачно - у него кончилось горючее раньше, чем он успел выйти в атаку.

В последующие недели штаффель, возведенный в ранг группы, перебросили в Брандис, расположенный к западу от Лейпцига. Перед летчиками Me-163 поставили задачу прикрыть от налетов бомбардировщиков нефтеперерабатывающие заводы в районе Леуна-Мерсебург, которые находились примерно в 40 км от аэродрома базирования.

28 июля американские В-17 в сопровождении "Мустангов" впервые обнаружили новые самолеты в районе Брандис. Они оценили их скорость в 700-800 км/ч. Столкновение закончилось безрезультатно. О техническом состоянии ракетных перехватчиков можно судить по тому, что 31 июля в 1/JG 400 имелось 16 самолетов, из них боегото-вых - 4, а в 2/JG 400 только 5, из которых боеготовых было 2.

Первый результативный бой произошел 16 августа 1944 г, когда 1096 В-17 и В-24 шли на цели в центральной Германии. Утром, в 10:45, они были над Брандисом, на котором в это время находилось 5 боеготовых перехватчиков. Их и начали поднимать на перехват. Один из стрелков "Летающей крепости" обнаружил атакующий Me-163B и с дистанции 900 м открыл огонь, продолжая его до 50 м. Ему удалось поджечь Me-163, из которого повалил густой дым, после чего тот пошел вниз.

Пилот спасся на парашюте. Верхний стрелок другой "крепости" обстрелял еще одну "Комету", но без результата. Третья "Комета" под управлением лт. Рулла атаковала В-17G и сбила его. Но охотник быстро превратился в дичь: топливо кончилось, и Рулл потерял скорость. На него тут же навалились "Мустанги" из эскорта и вогнали в землю в 10:52. Два последних Me 163 обменялись ударами с "Мустангами" и с бомбардировщиками, но без результата. Как видите, счет после этой операции - 2:1 в пользу союзников.

24 августа 1300 бомбардировщиков В-17 и В-24 шли на задание через Брандис. На их перехват последовательно были подняты три пары Me-163. В 12:07 командир первой пары Шуберт атаковал В-17, идущий в первых рядах колонны. Крепость была повреждена попаданиями в левое крыло, но осталась в строю, а Шуберт перенес огонь на другую цель, но без результата. Тем временем его ведомый попал в двигатель другого В-17, который задымил и стал снижаться, пока не взорвался на высоте 6000 м. Меньше повезло Эйзе-ману из второй пары, который пытался атаковать В-17, но был сам сбит его кормовым стрелком. Тем временем Шуберт успел взлететь во второй раз и в 12:12 сумел увеличить свой счет, сбив В-17. Два последних вылета Me-163B оказались безрезультатными. В конце августа произошел спад в использовании "Комет", который объясняется разрушением союзниками завода в Кельне, который выпускал "состав С".

10 сентября Me-163 пытались перехватить В-17, но безрезультатно. 11 сентября в Брандис была доставлена новая партия Me-163, и в тот же день союзники отметили 17 попыток перехватов со стороны Me-163. Атака, в среднем длилась 30 с. В тот день союзники потеряли 3 бомбардировщика, но это не было заслугой Комет.

28 сентября в 11:53 стартовали на перехват 6 Ме-163. В 12:08 верхний стрелок В-17 обстрелял атакующий Ме-163В-0, который был поврежден, но сумел выполнить аварийную посадку. Его раненый пилот попал в госпиталь. Другая "Комета" обстреляла один из бомбардировщиков, и пилот заявил о вероятной победе.
Интенсивные полеты проводились 7 октября 1944 г. В полдень с Брандиса на перехват американских бомбардировщиков взлетели 5 "Комет". Один из пилотов заявил о поражении В-17. Один из Me 163 во время посадки протаранил три "Кометы", стоящие на земле. Пилот погиб. В этот же день погиб ас Шуберт, самолет которого взорвался во время старта. В 12:31 "Кометы" начали очередную атаку, но встретились с тремя "Мустангами" из эскорта. Огонь американцев оказался удачным - пилот одной "Кометы" был ранен в голову, а его самолет сильно поврежден. Оставшиеся Кометы отыграться не смогли.

До конца октября Me 163 проявляли малую активность. Так, 9 октября "Кометы" пытались сбить курьерский "Москито", везший почту в СССР. Безрезультатно окончилась также встреча с "Мустангами" 26 октября.

2 ноября американцы предприняли мощный налет на заводы Лойна силами 687 "Крепостей" под охраной 400 "Мустангов" и 30 Р-38. Навстречу им были подняты пять "Комет". К тому времени союзники уже имели некоторый опыт борьбы с ракетными истребителями, и результат не замедлил сказаться. Один из Ме-163 пытался атаковать В-17, но сам попал под огонь Р-51. "Комета" взорвалась в воздухе, но за мгновение до этого пилот выпрыгнул из кабины и спасся на парашюте. В тот же день он был на базе. Двум его товарищам повезло меньше - они погибли в этом же бою.

Потери на этом не закончились: 18 ноября во время воздушного налета на земле был уничтожен один и повреждены два Ме-163. Еще один Ме-163 был поврежден на следующий день во время учебного полета. Пилот попал в госпиталь. 16 января 1945 года взорвался Ме-163 во время посадки на аэродром Лэкфельд. 10 февраля один пилот погиб, а 11 - другой был ранен в воздушном бою. 23 февраля, во время налета, на земле были уничтожены не менее четырех "Комет". 2 марта на перехват поднялись шесть "Комет", но они не нашли противника. На следующий день немецкие пилоты объявили об уничтожении 3-х В-17. 7 марта пара Ме-163 атаковала разведывательный "Спитфайр" Королевских ВВС. Его пилоту пришлось спасаться в крутом пикировании, с высоты 12000 м до 6000 м.

15 марта произошла очередная встреча Ме-163 с бомбардировщиками. Целью 1340 самолетов был Лейпциг. Американцы потерь не имели, а один Me 163 был сбит. Его пилот спасся на парашюте, а самолет разбился об землю. На следующий день над Лейпцигом бал перехвачен разведывательный "Москито" PR.XVI, который снимал результаты предыдущего налета. Он был обстрелян, но сумел уйти от истребителей, правда, при посадке был разбит, так что какие-то повреждения от Ме-163 он получил.

17 марта произошли очередные бои. Бомбардировщики сбить не удалось, а на одной из "Комет" после вылета насчитали 146 дыр от американских пуль. 19 марта на перехват 978 самолетов поднялись 40 немецких истребителей, в том числе реактивные Ме-262 и Ме-163. Пилоты Me 262 заявили об уничтожении трех В-17, а от летчиков Ме-163 удача в тот день отвернулась. Союзники отмечали появление Ме-163 24, 30 и 31 марта, причем 24 марта один из реактивных "мессеров" был сбит.

9 апреля на перехват пары Р-38 была поднята пара Me 163. При разгоне летчики развили критическую скорость, потеряв контроль над машинами. Когда управление удалось восстановить, противник уже исчез, и "Кометы" возвратились домой не солоно хлебавши.

10 апреля лт. Келб объявил о победе, одержанной с помощью гранат SG500 Ягерфауст. В тот же день был сбит "Москито", летевший на высоте 14000 м. Его экипаж выпрыгнул на парашютах. После атаки пилот Me 163 долго не мог найти свой аэродром, так далеко он улетел в горячке боя, но все обошлось. К середине апреля боевая активность "Комет" снизилась, что объясняется отсутствием топлива. 22 апреля удалось заправить только три Ме-163, которые сумели сбить один из 640 "Ланкастеров", шедших на задание. Из-за отсутствия топлива часть персонала была отправлена на сухопутный фронт, а всего к моменту капитуляции в подразделениях "Комет" числилось 80 Ме-163 и 60 пилотов.

Всего немецкие историки приписывают пилотам Комет 16 сбитых, но союзники подтверждают только девять. Пилоты-истребители США и Британии говорят о шести победах в воздухе над Me 163, а бортстрелки бомбардировщиков - несколько больше. Но еще больше "Комет" погибло во время испытаний и учебных полетов. Так, в I./JG 400 в период между 22 мая 1944 г. и 20 января 1945 г. от летных происшествий было потеряно не менее 17 "Комет".