Самолеты этого типа боевое применение имели только в тех странах, куда поставлялись, но не в США. В 1961 году Пакистан получил 10 ex-USAF F-104A и два F-104. Это был ответ на поступление на вооружение ВВС Индии советских МиГ-21. Интересно, что в сентябре 1961 года индийцы выразили желание купить 36 "старфайтеров", но им отказали.

F-104 поступили на вооружение 9-й эскадрильи в Саргодхе, заменив поршневые (!) Хаукер "Фьюри". Первоначально американцы поставляли самолеты без пушки "Вулкан", но впоследствии стали ставить на все пакистанские машины.

К началу войны 1965 года репутация "старфайтеров" была подмочена столкновение с индийскими "нэтами". 6 сентября пилот F-104 сбил ракетой "сайдвиндер" Mystere IVA, а на следующий день еще один такой самолет был сбит пушкой "Вулкан". Пакистанцы записали себе как минимум один перехват "канберры" 21 сентября.

Первое столкновение в воздухе 2-Маховых истребителей произошло 11 сентября 1965 года, когда одинокий "старфайтер" смог уйти от четверки индийских МиГ-21.

В дальнейших схватках пилоты противоборствующих сторон больше полагались на свои бортовые пушки, так как при больших перегрузках ракеты (как советские, так и американские) отказывали.

Всего за войну 1965 года пакистанские F-104 выполнили 246 вылетов, включая 42 ночью и претендуют на сбитие четырех самолетов противника при потере двух своих. Для возмещения потерь с Тайваня были поставлены два самолета сразу после войны.

После событий 1965 года на Индию и Пакистан американцы наложили эмбарго - в итоге на начало 70-х реально подняться в воздух могли только 7 "старфайтеров".

Очередная война на Индостане началась 7 декабря 1971 года. Противопоставить восьми индийским эскадрильям МиГов было практически нечего и тогда на помощь пришли арабские союзники. В Пакистан прибыли 10 "старфайтеров" иорданских ВВС, на которых совершали вылеты как иорданские, так и местные летчики.

По потерям данные сторон значительно разнятся. Пакистанцы говорят о потере двух F104 в ходе войны (правда, в последнее время заговорили и об еще одном самолете, потерянном от зенитного огня, что наводит на определенные мысли), в то время как индийские историки твердят о пяти сбитых самолетах этого типа (причем два иорданских самолета были сбиты в один день - 17 декабря).

После войны в составе ВВС осталось только 4 самолета из поставленных ранее. 9-я эскадрилья сменила их на Mirage 5PA в 1975 году. один же самолет (F-104A 56-0798) по сегодняшний день украшает авиабазу в Саргодхе.

Судьба некоторых "Старфайтеров" в ВВС Пакистана:

F-104:
- 56-773: получен 8.06.1964, сбит 12.12.1971, Wg.Cdr. ME Middlecoat погиб 
- 56-798: получен 1.03.1965 (из состава ROCAF), демонстрируется в музее ВВС в Карачи
- 56-799:
- 56-800:
- 56-802: получен 1961, разбит 9.11.1963 во время тренировочного вылета, Flg.Off. Asghar Shah катапультировался
- 56-803: получен 1961, разбился 3.09.1961 во время тренировочного вылета, Flg.Off Tariq Majeed погиб
- 56-804: получен 1961, сбит 6.12.1971, Sqn.Ldr. Amjad Hussain Khan катапультировался
- 56-805: получен 1961, сгорел на земле 10.07. 1968
- 56-807: получен 1961, разбился 15.04.1968, Flg.Off. Abbassi погиб
- 56-868: получен 1961, разбился 17.09.1965 Flg.Off. Abbassi катапультировался
- 56-874: получен 1961, сохранен в качестве памятника на АБ Пешавар
- 56-875: получен 1961, сохранен в качестве памятника в школе ВВС в Рисалпуре
- 56-877: получен 1961, сбит 7.09.1965, в кабине сидел Flt.Lt. Amjad Hussain Khan
- 56-879: получен 1961, сохранен в качестве памятника на АБ Масрур
- 56-787: взят в аренду в 1971 из состава ВВС Иордании, сбит в бою с МиГ-21, в кабине сидел Flt.Lt. Samad Ali Changezi

F-104 B:
- 57-1309: получен в  1961, сохранен в музее ВВС в Карачи
- 57-1312: получен в  1961, сохранен на АБ Файзал

Уголок неба. 2004