Практически одновременно с принятием К-60 на вооружение были начаты работы по модернизации Р-60. На ракете Р-60М установили доработанную ГСН - "Комар-М" (ОГС-75). Угол целеуказания увеличен с 12° на 17°, обеспечена возможность пуска в переднюю полусферу цели за счет охлаждения фотоприемника ГСН. При использовании более совершенных поражающих элементов масса боевой части возросла на 17%. Соответственно утяжелилась и ракета в целом, удлинившись на 43 мм. Минимальную дальность удалось сократить на треть, а максимальную увеличить на 500 м.

Ракеты Р-60 и Р-60М широко применялись почти на всех истребителях семидесятых годов и более поздней разработки, в том числе и в качестве "вспомогательного калибра" в сочетании с более мощными "изделиями". Применение этих ракет на МиГ-31, в условиях интенсивного нагрева при полете на скорости порядка 3000 км/ час потребовало проведения дополнительной проработки.

Ракеты Р-60 также использовались в качестве оружия самообороны на ударных самолетах семейств Су-17, Су-24, Су-25, МиГ-27. Психологически их роль в какой-то мере соответствует пистолету как табельному оружию офицера - при встрече с вражеским истребителем пилот штурмовика или фронтового бомбардировщика не чувствует себя абсолютно беспомощным. Ракеты в вариантах Р-60К и Р-60МК экспортировались в дружественные страны и применялись в боевой обстановке в ряде региональных конфликтов, начиная с боев над Ливаном в 1982 г.