Для обеспечения заданной ТТТ дальности полета в начале 80-х гг. был подготовлен проект варианта истребителя с большим запасом горючего - в увеличенном гроте за кабиной летчика планировалось разместить дополнительный («накладной») бак, одновременно(для выполнения перегоночных полетов) топливная система дорабатывалась для применения двух подкрыльевых подвесных баков емкостью по 1150 л. Правда, при их установке скорость самолета ограничивалась 850 км/ч (М=0.8).

Другим требованием, предъявлявшимся к ЛФИ, было оснащение его встроенной системой радиоэлектронного противодействия (РЭП). Разработка такой системы задерживалась, и первые серийные МиГ-29 никаких средств обороны не имели (не было еще и блоков отстрела тепловых ловушек). К середине 80-х гг. станцию помех «Гардения» удалось довести до работоспособного состояния, однако свободные объемы, необходимые для ее внутреннего размещения на МиГ-29 типа «9-12» отсутствовали (разработчики Су-27 сразу ориентировались на применение подвесных систем РЭП, что позволяло оснащать такой аппаратурой самолеты всех модификаций без доработки конструкции). В связи с этим решено было отказаться от установки накладного бака, а в оставшемся от него расширенном гроте за кабиной разместить станцию помех. Для увеличения дальности полета на данном этапе удалось только несколько перекомпоновать фюзеляжный бак №1 (его емкость возросла на 240 л) и обеспечить применение подкрыльевых ПТБ. На верхней поверхности крыла самолета перед форкилями наконец должны были занять свое место и блоки выброса пассивных помех БВП-30-26М, опробованные на опытных МиГ-29 №917 и №925. Доработанный истребитель с аппаратурой помех и возросшим запасом топлива сохранил прежнее название МиГ-29 без добавления какого-либо индекса, а для его отличия использовался новый шифр - изд. «9-13». Внешними особенностями этого самолета по сравнению с МиГ-29 типа «9-12» стали характерная «горбатая» форма грота за кабиной летчика и новые обводы законцовок крыла, в которых разместили антенны станции РЭП.

Прототипом модифицированного истребителя стал самолет МиГ-29 №406, переоборудованный из серийного МиГ-29 №0406, совершившего к моменту доработки 43 полета. 18 апреля 1984 г. самолет №406 был перебазирован на аэродром, а первый вылет его состоялся 4 мая 1984 г. В ходе летных испытаний оценивалось изменение характеристик устойчивости и управляемости самолета с увеличенным гротом, блоками выброса помех на крыле перед килями и без под-фюзеляжных гребней. С 1985 г. машина принимала участие в отработке комплекса радиоэлектронного противодействия МиГ-29 типа «9-13», а позднее - и последующих модификаций истребителя. Большая часть испытаний проводилась в ГК НИИ ВВС в Ах-тубинске. К 13 апреля 1993 г. МиГ-29 №406 совершил 424 полета.

В серийное производство на МАПО им. П.В.Дементьева МиГ-29 типа «9-13» был запущен в 1986 г. и вскоре сменил в стапелях МиГ-29 типа «9-12», выпускавшиеся для ВВС Советского Союза (такие машины стали строиться только на экспорт). Эталоном для серийных самолетов типа «9-13» стал МиГ-29 №1616 (бортовой №26). В конце 1986 г. после выполнения 98 полетов эта машина поступила на ММЗ им. А.И.Микояна для доработок и оснащения КЗА. Облет усовершенствованного самолета состоялся 5 января 1987 г., после чего на нем проводились испытания по определению характеристик устойчивости и управляемости истребителя с подвесными топливными баками и модернизированной системой управления. В феврале 1991 г. МиГ-29 №1616 прошел доработку под двигатель РД-ЗЗК. 4 декабря 1992 г. на нем был выполнен 488-й полет, а затем он использовался для наземной отработки нового двигателя. Сейчас эта машина находится в экспозиции Центрального музея Великой Отечественной войны (Мемориала Победы) на Поклонной горе в Москве.

Внутренний запас топлива на МиГ-29 типа «9-13» увеличился до 4540 л, в случае подвески трех ПТБ (одного подфюзеляжного и двух подкрыльевых) полный запас горючего превысил 8300 л, при этом максимальная дальность полета достигла 2900 км.

Помимо перечисленных доработок на МиГ-29 типа «9-13» несколько расширили номенклатуру и увеличили максимальную массу подвешиваемого неуправляемого вооружения. Стало возможным применять контейнеры малых грузов типа КМГ-У с блоками БКФ, содержащими осколочные и противотанковые бомбы и мины калибра 0.5-2.5 кг, а число одновременно подвешиваемых на самолет авиабомб калибра 500 кг увеличилось до шести (на две внутренние подкрыльевые точки стали устанавливать многозамковые балочные держатели МБДЗ-У2Т-1, на которые можно было подвешивать по схеме «тандем» две ФАБ-500М54). При этом максимальная масса боевой нагрузки возросла до 3200 кг (шесть ФАБ-500 и две Р-73 или Р-60М), а максимальная взлетная масса самолета - до 18480 кг.

Приоритет при поступлении МиГ-29 в войска отдавался округам, которые противостояли группировкам НАТО в Европе.  Машинами модификации "9-13" вооружили входивший в 14-ю воздушную армии армию 92-й ИАП в Мукачево (Прикарпатском ВО). В 1987 г. в связи с переходом на МиГ-29, 35-й авиационный полк истребителей-бомбардировщиков (АПИБ) вновь стал истребительным. Он размещался на аэродроме Цербст и входил в 126-ю Краснознаменную ГИАД 16-й ВА. При возвращении в истребители 2-я эскадрилья приняла- шестнадцать "9-13".

Несмотря на то, что МиГ-29 мало подходил на роль ударной машины, его получали и полки истребительно-бомбардировочной авиации (ИБА). В середине 1980-х гг. обменял свои МиГ-27 на самолеты "9-13" входящий в 48-ю ВА (ОдВО) 642-й АПИБ. Принял МиГ-29 и 927-й Кенигсбергский АПИБ из Березы-Карпусской, что в Белоруссии.

После распада СССР примерно 2/3 всего парка МиГ-29 находилось за пределами России, которая в 1992 г. располагала около 300 МиГ-29, в основном, "9-13". Этот парк пополнился, главным образом, за счет возвращения самолетов из Европы и бывших союзных республик. Так, в 1992 г был выведен из Грузии в Багай-Барановку (Саратовская обл.) и вскоре расформирован 176-й ГИАП. На 1995 г. в ВВС РФ насчитывалось уже 410 МиГ-29, из них около 60 спарок. Еще 47 машин этого типа было у моряков. Но дальше количество "девяток" в частях начало неуклонно сокращаться. После объединения в 1998г. ВВС и ПВО их осталось 315, а на 2001 г. - всего 260, и место наиболее массового истребителя занял Су-27 (340 машин в строю). Самолеты, полученные после 1992 г., направлялись и на перевооружение частей, эксплуатировавших устаревшую технику. МиГ-29 появились в 960-м ИАП, сформированном в начале 1990-х гг. на кубанском аэродроме Приморско-Ахтарск Северо-Кавказского ВО (ранее этот полк был учебным и летал на L-39). 120-й ИАП 23-й ВА из забайкальской Домны в начале 1993 г. перевооружился с МиГ-23МЛД на самолеты "9-12", "9-13" и "9-51" из 176-го ГИАП. В 1998г. он получил еще и титулы расформированного 125-го ОРАП и стал именоваться Брестским ордена Кутузова 120-м ГИАП.

В мае 1989 г последовал довольно неожиданный контракт на поставки МиГ-29 в КНДР. Несмотря на политику "чучхе" (помоги себе сам), эта страна стала единственным зарубежным получателем самолетов в варианте "9-13" (хотя часть в партии из 30 машин составили обычные "9-12"Б). Забавным моментом сделки было то, что с началом поставок МиГов Ким Ир Сену в Луховицах вдруг появились телевизоры, видеомагнитофоны и другие штучки южнокорейского производства, заметно оживившие скучные полки местных магазинов.